《ANIMA》的故事設定是以「『人類補完計畫』沒有發動的世界3年後」作為舞台。SEELE發動的人類補完計劃失敗丶NERV組織改組丶加持仍然生還、以及真嗣他們從17歲開始的嶄新故事。在NERV特殊調查部特務人員加持的努力下，SEELE打算用戰略自衛隊強制佔領NERV、強制執行人類補完計劃的事完全曝光，震撼全球，戰略自衛隊入侵NERV日本總部的行動也被中斷。不過由於聯合國及各國政府內部也存有SEELE的間諜而陷入一片了混亂。在聯合國和各國政府遲遲無法決定應對策略的情況下，NERV日本總部只能獨力應對與SEELE的決戰。