在機動戰士鋼彈 UC 事件之後，這場被稱為「拉普拉斯事件」（Laplace Incident）的衝突隨著新吉翁殘餘團體「帶袖的」解散而結束。事件中活躍的獨角獸鋼彈和報喪女妖都被封存了，再也沒有人見過他們。根據《宇宙世紀憲章》的原始草案，新人類的存在及其被承諾的權利也已為公眾所知。 一年後的U.C.0097，世界仍然基本沒有變化。但在此時兩年前失蹤的「獨角獸鋼彈3號機 鳳凰」突然重新出現。為了捕捉逃亡的機動戰士，聯邦和新吉翁決定合作進行捕捉行動，稱為「狩獵不死鳥」行動。