1999年，一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過調查之後發現，宇宙中有可能為人類歷史上最大強敵的高等生物存在，於是各國政府凍結了國家之間的利害關係，成立了統合軍，意圖整合世界現有國家組成單一人類政府，並開始重建這艘代號為 ASS-1 的外星太空船。 然而，也就是在這個時候，以蘇聯為首的華約集團，卻主張應重視各國之間文化的差異，而反對這項同盟，並組成反統合軍同盟，與由西方國家主導的統合軍對抗。在2000到2007年之間，雙方為取得外星人的遺跡與科技而在世界各地進行激烈的爭奪與互角。後世稱為（第一次）統合戰爭。 2008年，統合戰爭告一段落，反統合軍勢力亦大致遭到壓制。據報在南太平洋的瑪雅島上發現外星人的遺跡，統合軍便出動特遣艦隊前往回收。然而，同樣得知消息的反統合軍同盟殘存勢力也派出了特遣艦隊，企圖搶在統合軍之前回收這項重要的技術，並扳回當前的頹勢。雙方在這太平洋小島的周邊，展開了一場激烈的海空大戰。 此時，主角工藤真以統合軍戰鬥機飛行員的身分，加入了這場戰鬥。