隱藏機體、駕駛員
※與前作相同，部分機體與駕駛員在第二輪遊戲後條件會放寬，甚至可無條件取得。
下列所提到的「說服」，是指由特定駕駛員在鄰接目標時，可作為特殊指令使用的行動。
ジュアッグ
第25話「特異點的使命」通關後，「Dトレーダー」中會販售「ジュアッグ」。
本作中是無條件出現（前作則需滿足「アムロ」的擊墜數條件）。
αアジール
滿足條件後，在第33話「黑歷史的黑暗」通關後，「Dトレーダー」中會販售「αアジール」。
【條件】
在第33話通關前，「クェス」與「シャア」的合計擊墜數需達到100機以上。
ヤクト・ドーガ / ギュネイ
若滿足條件，則在第36話(B)宇宙路線「宇宙之神」中「ギュネイ」會加入。
這是採用隱藏點數制，只要滿足數個條件並累積達一定點數即可讓其加入。
【條件】
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第4話的分歧中選擇「蒼の地球」路線（第5話內部的兩個分歧皆可）
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第6話(B1)「蒼の地球 北美路線『吉翁的未來』」中，由「カミーユ」說服「ギュネイ」可獲得 +1 分
或
第7話(B2)「蒼の地球 極東路線『嚴島的奇蹟』」中，由「カミーユ」說服「ギュネイ」可獲得 +1 分
接著：
- 若為第6話(B1)，則需由「νガンダム（アムロ）」擊墜「ギュネイ」可再獲得 +1 分
- 若為第7話(B2)，則「アムロ」與「カミーユ」各與「ギュネイ」交戰，可再獲得 +1 分 -
第10話(B)「蒼の地球『紅色彗星的影子』」中，依序由「クェス」→「シャア」說服「ギュネイ」（若未先由クェス說服，將無法由シャア說服）→ 各+1 分
並安排「ギュネイ」與「シャア」、「クェス」其中之一交戰並由對方擊墜 -
第24話「一縷光明」中，由「シャア」、「クェス」、「カミーユ」三人對「ギュネイ」進行說服並擊墜 → +1 分
若在クェス說服時有讓「ハサウェイ」出擊，則再加 +1 分 -
第36話起的分歧中選擇宇宙路線
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第36話(B)宇宙路線「宇宙之神」中，由「シャア」說服「ギュネイ」，並安排「クェス」與其交戰 → +1 分
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在同一話（第36話B）中，擊墜「ローゼン・ズール」時會觸發「ギュネイ」前來援護的演出
之後他將直接加入我方部隊。
【必要點數與備註】
若在第36話的分歧中選擇「宇宙路線」，只需達成「2點以上」即可讓「ギュネイ」在該話中加入。
若選擇其他路線，則需達成「6點以上」，他會在第40話通關後的部隊合流時加入。
マリーダ生存・クシャトリヤ強化
第44話「超越宿命」中，原本「マリーダ」會完全離脫，但若滿足特定條件則可讓她生存。
這是採用隱藏點數制，只要達成多個條件並累積到一定點數，就能讓「マリーダ」生還。
【條件】
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第4話的分歧中選擇「蒼の地球」路線（第5話的兩個內部分歧皆可）
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第9話(B)「蒼の地球『通往和平的黎明』」中：
讓「バナージ」與「マリーダ」先進行一次戰鬥 →（+1）
之後才會出現「説得」指令，使用「バナージ」說服「マリーダ」 →（+1）
說服後，讓「バナージ」擊墜「バンシィ」 -
第10話(B)「蒼の地球『紅色彗星的影子』」中：
由「バナージ」與「クェス」各自對「マリーダ」進行說服 → 各+1 分
※若「バンシィ」進入「毀滅模式（デストロイモード）」（HP低於一半）將無法進行說服，需注意
安排「マリーダ」與「バナージ」交戰，當「バンシィ」變身後再與「バナージ」交戰並由其擊墜 -
第36話的分歧選擇宇宙路線
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第37話(B)「宇宙路線『黑暗中的リディ』」中：
「バナージ」與「マリーダ」各與「リディ」戰鬥 →（+1）
之後由其中一人擊墜「リディ」 →（+1） -
第39話(B)「宇宙路線『情感與力量的去向』」中：
「バナージ」與「マリーダ」再次各自與「リディ」戰鬥 →（+1）
之後由其中一人擊墜「リディ」
再讓「バナージ」與進入「デストロイモード」的「リディ」戰鬥並由其擊墜 →（+1） -
第44話「超越宿命」中：
讓「バナージ」小隊與「バンシィ」交戰並將其擊墜
之後「バンシィ」進入「デストロイモード」後，再次交戰並擊墜
【生存演出】
若累積條件達成，則在第44話中會觸發「ガランシェール」代替「マリーダ」承受「リディ」攻擊的演出，讓「マリーダ」成功生存。
【備註】
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第2輪起可無條件讓「マリーダ」生存
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若「マリーダ」成功生存，其所駕駛的「クシャトリヤ」之「ファンネル」與「全彈齊射（ファンネル一斉攻撃）」將會強化。
グラハム生存
第50話「向著星辰」中，「グラハム」原本會完全離脫，但若滿足特定條件可讓他生存。
【條件】
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在第50話通關前，「グラハム」與「刹那」的擊墜數皆需達到一定數量（達成王牌等級 / エース）
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且在第50話中「グラハム」的擊墜數需達到「8機以上」
【生存演出】
若上述條件達成，則在第50話中擊墜「タイタン變動重力源」後會觸發特別劇情，
由「刹那」與「ヒイロ」阻止「グラハム」的突擊，進而讓他生還。
【備註】
第2輪起可無條件讓「グラハム」生存。
ベック・ビクトリー・デラックス / ベック
若滿足條件，則在共通第55話「銀河死鬥」劇情中，「ダイバスター」變身的時機點會出現並加入「ベック・ビクトリー・デラックス」。
【加入角色資訊】
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「ベック・ビクトリー・デラックス」登場並加入我方
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初期即配備強化零件：「S-アダプター」「メガブースター」「超合金Z」
【加入條件】
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在共通第41話「永遠，Stand by Me」中：
讓「ロジャー（ビッグオー）」出擊，並使用其「說服」指令對「ベック（ベック・ビクトリー・デラックス）」進行說服
之後再由「ロジャー」擊墜「ベック」 -
第55話中無需再出擊「ロジャー」，也可觸發加入事件
【備註】
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此角色為隱藏加入單位，需於第41話完成指定行動才會在第55話劇情中出現
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初期裝備的三個強化零件相當實用，值得爭取加入
ボン太くん
在第51話「啟航邁向命運」通關後，若滿足條件可獲得「ボン太くん」作為「宗介」的可替換機體。
【機體資訊】
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「ボン太くん」為「宗介」專用的替換機體
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繼承「レーバテイン」的改造值（為轉移繼承，非共享）
【獲得條件】
須在第51話通關前同時滿足以下任一組條件：
條件A：
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「宗介」的擊墜數達 80機以上
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並且「宗介」「マオ」「クルツ」「クルーゾー」四人的總擊墜數達 150機以上
或 條件B：
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「宗介」與「テッサ」的擊墜數 各自達 100 機以上
【備註】
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僅需滿足其中一組條件即可觸發
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「ボン太くん」作為彩蛋機體，性能亦有實用之處，適合提前安排宗介等人培養擊墜數來取得
隱藏強化零件
カミナのサングラス
在共通第14話「アルカトラズ大脱走」中，如果將游標對準地圖左上角，然後向右移動8格、再向下移動17格，並將「シモン・ヨーコ」的隊伍移動到該位置並待機，就會觸發與獣人之間的特殊事件。完成事件後即可獲得隱藏道具「カミナのサングラス」。
スーパーリペアキット
在共通第14話「アルカトラズ大脱走」中，只要讓「セツコ」或「ランド」其中一人出擊，並將游標對準地圖左上角，然後往右移動18格、再往下移動24格，接著讓「セツコ」或「ランド」移動至該位置並待機，就會觸發與「ゼニトリー」之間的特殊事件，進而獲得道具「スーパーリペアキット」。
ブースター・高性能レーダー
在共通第25話「特異點的使命」中，派出ガロード出擊，將游標對準地圖左上角，往右移動7格、往下移動21格，然後讓ガロード在該位置待機。
會觸發與カリス的事件，並可獲得「ブースター・高性能レーダー」。
娘娘名物まぐろマン
在共通第31話「憎恨與悲傷之中」中，派出クロウ出擊，將游標對準地圖左上角，往右移動15格、往下移動9格，然後讓クロウ在該位置待機。
會觸發與クラウディア的事件，並可獲得「娘娘名物まぐろマン」。
アンドロメダ焼き・サイキックリアクター
在共通第33話「黒歴史の闇」中，將游標對準地圖左上角，往右移動23格、往下移動15格，然後讓ロラン與ガロード的隊伍在該位置待機。
會觸發與コレン的事件，並可獲得「アンドロメダ燒・サイキックリアクター」。
Fボンバーのディスク
若選擇真ゲッタードラゴン路線，則在第52話「被神引導之人」中，將游標對準地圖左上角，往右移動17格、往下移動22格，讓正太郎在該位置待機。
若選擇バジュラ路線，則在第54話「摯愛之翼」中，將游標對準地圖左上角，往右移動17格、往下移動24格，讓バサラ在該位置待機。
會觸發事件並獲得「Fボンバーのディスク」。
隱藏路線・劇情
ランカ関連
滿足特定條件後，在バジュラ（Macross）路線第53話開始前的事件中，於甲板上「ランカ告白」的劇情中會出現選項。
選項為：「不接受ランカ的心意／接受ランカ的心意」。
依選擇不同，第53話與第54話中的部分對話內容會有所變化。
（不會影響路線分歧、是否加入額外機體等遊戲進程）
若選擇「不接受ランカ的心意」，則アルト會選擇シェリル（對應原作路線）；
若選擇「接受ランカ的心意」，則アルト會選擇ランカ，劇情內容亦會有所不同。
若未出現選項，則會強制進入シェリル路線。
由於與ランカ相關的事件有多項，系統採計分方式進行累積，當達到一定點數後才會出現該選項。
備註
在第17話的分歧中選擇マクロス・クォータールート →（+1）
第18話(A)マクロス路線「禁斷之星」中，事件中出現選項：「讓ランカ搭乘自己的機體 or 讓她搭乘ブレラ的機體」
選擇讓ランカ搭乘アルト的機體，並讓アルト擊墜3台敵機（會有特殊對話發生）→（+1）
第27話(B)ガルガンティア船團路線「野心之島」中，讓アルト與ブレラ交戰並由アルト擊墜 →（+1）
第28話(B)ガルガンティア船團路線「翠之海的明日」中，讓アルト與ブレラ交戰並由アルト擊墜 →（+2）
第52話分歧中選擇(B)バジュラ路線
若在第53話(B)バジュラ路線「愛憎的迷宮」開始時累積點數達2點以上，將會出現選項
第2輪起則推測選項會無條件出現
56話過關後分歧
在第56話通關後會出現選項與路線分歧（推測無需特定條件即可發生）。
在本作中，這個分歧被視為正統路線與if路線的分岐。
當ジ・エーデル提出「聽到這些話，還是絕望了嗎？」這句話時，會出現選項：
「希望仍在」或「只有絕望」。
選擇「希望仍在」會進入類似正統發展的路線。
選擇「只有絕望」則會進入if路線（第57話開頭會有全員喪失鬥志的演出）。
若選擇「只有絕望」，在第57話開始時將無法使用「真化融合」，
而且所有我方角色的初始氣力為80，導致戰鬥難度明顯提升。
因此，第1輪建議選擇「希望仍在」的路線。