隱藏機体
サーペント
鋼彈W系列專用的可替換機體。
在第21話前半，需要讓「カトル」、「トロワ」、「カレン」對「五飛」進行說服。
同一話前半，還需安排「ヒイロ」與「五飛」進行單挑（禁止使用ヒイロ以外的角色攻擊五飛）。
在第21話後半，讓「ヒルデ」與「ノイン」合計擊墜5台以上敵機。
若達成上述條件，則會在第21話IM的「Dトレーダー」中觸發Zチップ事件，該機體可用200 Zチップ購買。
第2輪開始僅需完成前半地圖的條件即可購買。
此外，前半中並不需要擊墜五飛或殲滅所有サーペント部隊。
ジュアッグ
在メリダ島路線的第48話中，讓增援出現的兩台「ジュアッグ」都由「アムロ」擊墜，
並且在第48話之前累積「アムロ」的擊墜數達到80機以上，
若滿足以上條件，則會在第48話IM的「Dトレーダー」中觸發Zチップ事件，該機體將以100 Zチップ販售。
クシャトリヤ
在第46話之前，讓「マリーダ」、「ギュネイ」、「クェス」三人的總擊墜數達到225機以上，
並且在第46話的分歧中選擇「前往メリダ島」（此為必要條件），
滿足這些條件後可觸發角色加入事件。若選擇其他路線則無法加入。
另外，第46話中「ネオ・ジオン三人組」的擊墜數也會作為if路線的觸發條件之一，建議保留擊墜機會以便後續使用。
バイアラン・カスタム
若滿足條件，則在メリダ島路線的第48話中，「フォウ」將以「バイアラン・カスタム」作為搭乘機體加入。
（第2輪時，即使選擇日本路線，也會在部隊合流時加入）
條件為：
在第46話的分歧中選擇「前往メリダ島」，
並且在第47話為止，「カミーユ」、「エマ」、「ファ」、「カツ」四人的總擊墜數需達到240機以上，
其中「カミーユ」個人的擊墜數需達到80機以上。
ボン太くん
此機體為宗介專用的可替換機體。
第9話中，讓「ボン太くん」擊墜3台以上敵機。
第17話中，再次讓「ボン太くん」擊墜3台以上敵機。
第42話中，讓「ボン太くん」擊墜3台以上敵機，並由「ボン太くん」擊墜「ゲイツ」。
（另外在第2輪時，似乎不需要擊墜「ゲイツ」也能達成條件）
隱藏駕駛（＋機體）
クェス・パラヤ(＋クェス専用ヤクト・ドーガ)
此角色採用點數制，需達成「3點以上」並滿足「必須條件」，才能在第57話加入。
第2輪時，只需達成「必須條件」即可加入。
【點數條件】
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第37話，在シャア登場前由ハサウェイ說服クェス（+2）
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第41話中，讓ハサウェイ擊墜一台敵機（+1）
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第46話中，由ハサウェイ再次說服クェス（+1）
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通過if路線（+2）
【必須條件】
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第56話中，由ハサウェイ說服クェス，且需在擊墜シャア之前先擊墜クェス
ダグザ・マックール生存
在第40話的NT-D發動事件後，需由「バナージ」與「フルフロンタル」及「ハマーン」交戰，
且在第40話之前讓「ダグザ」累積擊墜數達到80機以上，滿足此條件即可讓「ダグザ」生存。
「ダグザ生存」與「クシャトリア加入」以及「ロニ生存」一樣，都是通往if路線的觸發條件之一，建議保留以便後續使用。
另外，在第2輪之後，即使未滿足條件、也不論所選路線，「ダグザ」將會無條件生存。
パトリック・マネキン(＋GN-XⅣ)
在第48話中，讓「パトリック」擊墜2台以上敵機，
並且在第48話前，「刹那」、「ロックオン」、「ティエリア」、「アレルヤ」、「スメラギ」五人的總擊墜數達到350機以上，
滿足條件後可讓「パトリック」加入。
第2輪起則無論所選路線，將會無條件加入。
其他
ロニ・ガーベイ生存條件如下：
在メリダ島路線的第48話中，劇情事件後由「バナージ」擊墜「シャンブロ」。
若達成此條件，將觸發「シャンブロ未自爆、ロニ被回收」的劇情，但她不會成為可操作的駕駛員。
此為通往if路線的重要觸發條件之一，建議務必由バナージ擊墜以保留旗標。
隱藏強化零件
補助GNドライヴ
第8話「戦うボーイ・ミーツ・ガール」
主人公在地圖右下角往上3格、再往左3格的位置，會遇到原創角色「シエロ・ビーター」。
スーパーリペアキット
第28話「闇の詩」
主人公將角色移動到ゼニトリー曾出現的地點（地圖最左上起往右4格、往下4格的位置），即可觸發事件並獲得道具。
資金50000
第32話「忘却の霧の中」
將角色移動並待機於中央上方、圓形大型建築物的正門入口處（地圖最左上起往右13格、往下4格的位置），即可觸發事件並獲得道具。
超合金Z
第45話「暗黒の神ミケーネ」
兜甲児將角色移動至地圖最右側、從下方算起第13格的位置（也就是開場時3位市民所在的位置），即可觸發事件並獲得道具。
IF 路線
在第1輪中，若滿足 if 路線的條件達 5 項以上，則會在第49話通關後觸發選項事件；第2輪起則無條件出現選項。
此時將出現選擇：「接受命運」或「對抗命運」：
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選擇「運命を受け入れる（接受命運）」則進入通常路線
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選擇「運命に抗う（對抗命運）」則進入 if 路線
if 路線從第50話展開至第54話，第55話開始回歸共通路線。儘管最終章仍會收束，但中段劇情走向會有大幅不同。
本作中首次參戰的《アクエリオンEVOL》和《機動戦士ガンダムUC》角色之命運發展是進入 if 路線的核心要素，也可視為隱性的劇情指引。
正如系列過往：
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無印Z 是《機動戦士ガンダムSEED DESTINY》和《交響詩篇エウレカセブン》
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第二次Z 是《コードギアス 反逆のルルーシュ》
Z系列的一大樂趣就是讓當代代表性的作品，在if路線中展現全新走向。
特別補充：雖與 if 路線本身無關，但若在《ヱヴァンゲリヲン新劇場版》選項中選擇「凍結3號機實驗」，再進入 if 路線，則會帶來非常新鮮的故事體驗。
if 路線觸發的點數條件（以下滿足 5 項以上）
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第19話：在第4回合內擊墜使徒
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第21話前半：僅由ヒイロ擊墜五飛
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第27話（ネオ・ジオン調查路線）：讓ジン與カグラ交戰
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第27話（地上路線）：讓ジン與カグラ交戰
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第36話（ボトムズ路線）：由刹那或ゼロ說服五飛
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第39話（ボトムズ路線）：僅由キリコ擊墜テイタニア
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第40話：達成ダグザ生存條件
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第41話開始前：選擇「相信シャア」
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第43話：由正太郎說服グーラ
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第45話前：「ギュネイ」、「クェス」、「マリーダ」三人總擊墜數達225以上（與クシャトリア入手條件相同）
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第47話（EVA路線／未凍結）：選擇「與3號機戰鬥」
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第47話（EVA路線／凍結）：ミコノ與ゼシカ各進行至少一次戰鬥
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第48話（ガンダムUC路線）：由ユニコーンガンダム（バナージ）擊墜シャンブロ（會觸發ロニ生存）
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第49話：擊墜ガドライト
IF 路線追加機體、駕駛員、強化零件
在 if 路線中，以下角色與機體相關事件會有額外展開：
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シュレード・エラン生存，並為アクエリオンスパーダ追加新武器
→ 在 if 路線第50話 中可避免其離脫並觸發武裝追加 -
ジン・ムソウ生存，並為アクエリオンゲパルト追加新武器，同時 ゼウス神（ゼウス） 加入
→ 在 if 路線第54話 中會觸發這些追加內容