追加機體
スコープドッグ『ショルダーミサイルポッド』
（宇宙路線 第43話「修羅」後半）
獲得條件：
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キリコ與フィアナ各自擊墜3台以上敵機（包含援護攻擊的擊墜也有效）。
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通關時，キリコ的總擊墜數需達到70機以上。
※此處標示為『ショルダーミサイルポッド』是為了與通常版機體區別，
但在遊戲內機體名稱仍顯示為「スコープドッグ」。
YF-29 デュランダル
（原作路線：第55話「アナタノオト」 / if路線：第57話「ネクスト・フロンティア」）
獲得條件：
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在特定劇情前（第55或57話）アルト的擊墜數達70機以上。
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アルト的擊墜數必須高於：オズマ、ミシェル、ルカ、クラン、カナリア。
※此條件在 第2輪遊戲以後將取消。 -
由アルト親自擊墜ランカ與ブレラ（援護攻擊不計入）。
※若為 if 路線，將於第58話「革新」我方增援時登場。
追加駕駛（+機體）
ローレライ（ドナウα1）
日本路線 第7話「対決！悲しみの青きドナウ！」
獲得條件：
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使用鉄人28号對ドナウα1進行說服。
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在擊墜ドナウα1以外的所有敵人之前，不可對ドナウα1進行任何攻擊。
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觸發與マジンガーZ的一騎打事件後，於4回合內擊墜ドナウα1。
※若前述條件皆達成，ドナウα1會「撤退」而非「爆散」。 -
第31話結束後選擇地上路線。
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在第32話「奪われた鉄人」中會作為我方增援登場，並正式加入我軍。
注意：若選擇宇宙路線，則無法加入，但會有劇情顯示其仍存活。
アニュー・リターナー（プトレマイオス2 的副駕駛）
宇宙路線 第34話「白き牙」
獲得條件：
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出擊刹那（非強制，需手動派遣），並確保刹那在擊墜アニュー前未被擊墜。
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刹那的擊墜數達70機以上。
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若未達70機，則不得由ロックオン以外角色對アニュー造成傷害。
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クワトロ復歸後，與アニュー或ミリアルド進行一場戰鬥以觸發ブシドー登場。
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保留ミリアルド與アニュー，並擊墜サーシェス與ブシドー（擊墜者不限）。
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由ロックオン擊墜アニュー。
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若非由ロックオン擊墜，則需：
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アニュー完全未被其他角色擊中的狀態下被一擊擊墜，或
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僅由ロックオン削血並完成擊墜（此條件可能只在第2輪以後適用）。
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成功判定標準：
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アニュー被擊墜時，會觸發拔出駕駛艙的特別動畫事件。
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與ロックオン的對話內容也會有變化，背景音樂會由「咲いて散る」變為「傍にいるひと」。
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但機體ガッデス不會加入。
注意事項：
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若以トランザム狀態的プトレマイオス2完成關卡，即便アニュー生存，也可能因 BUG 而無法回歸副駕駛。
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若遇此情況，在接下來的分歧中選擇地上路線，她會於合流時正常回歸為副駕駛。
追加強化零件
強化零件與位置說明
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第15話「マン・アズ・ビフォー」
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強化零件：娘々名物まぐろまん
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移動單位：ブラスタEs（エスター）
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移動位置：從地圖左下角往上8格、往右2格。
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備註：記住在我方增援「マクロス・クォーター」左上方會比較容易找到。
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第18話「アッシュフォード・ラプソディ」
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強化零件：アドレナリンアンプル
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移動單位：トリスタン（ジノ）、モルドレッド（アーニャ）
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移動位置：アッシュフォード學園初期敵人位置左下方；從地圖左下角往上3格、往右1格。
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暗黑大陸路線 第23話「あなたは何もわかっていない」
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強化零件：カミナのサングラス
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移動單位：グレンラガン（シモン）
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移動位置：「カミナ像」所在位置（地形顯示為此名稱），地圖中央偏左下的公園樣地形；從地圖左上角往下20格、往右12格。
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宇宙路線 第24話「ゼロと呼ばれたG」
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強化零件：補助GNドライヴ
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移動單位：ガンダムデスサイズヘル（デュオ）
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移動位置：從地圖右上角往下6格；即博士5人交談的地點。
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第31話「ジ・アンブレイカブル」
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強化零件：スーパーリペアキット
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移動單位：リ・ブラスタ（クロウ）
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移動位置：前作ゼニトリー出現的位置；從地圖左下角往上6格、往右13格；或從ジェラウド的初期位置往上2格、往左3格。
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第39話「禁断の継承者」
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強化零件：DMアダプター
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移動單位：蜃気楼（ゼロ）
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移動位置：嚮團總部建築入口右方；從地圖右上角往下3格、往左12格；從ジークフリート初期位置往上3格、往右1格。
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日本路線 第41話「遺恨！ くろがね屋の一番長い日！」
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強化零件：ハイパージャマー
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移動單位：マジンガーZ（甲児）
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移動位置：「兜家」（地形顯示為此名稱），位於地圖上方中央偏右；從地圖右上角往左8格、往下2格。
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宇宙路線 第43話「修羅」
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強化零件：勇者の印
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移動單位：ベルゼルガ（シャッコ）
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移動位置：前半戰，從シャッコ初期位置往上8格、往右1格；或從地圖右上角往左7格、往下6格。
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第46話「失われし聖王国」
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強化零件：インサラウムの秘宝
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移動單位：パールネイル（マルグリット）
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移動位置：從地圖右上角往下2格、往左9格。
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第47話「死線！ 総攻撃Dr.ヘル！」
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強化零件：超合金Z
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移動單位：ボスボロット（ボス）
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移動位置：從地圖右下角往左1格、往上1格；也就是開場女將對話發生的地點。
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備註：ボス不是強制出擊，需留意。
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特殊條件獲得強化零件
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暗黑大陸路線 第38話「告げられる絶望」
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強化零件：勇者の印
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獲得條件：在暗黑大陸路線第24話中，僅用シモン的攻擊擊墜ヴィラル。
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補充說明：滿足條件後，可由エンキドゥドゥ裝備該強化零件。
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隱藏分歧：黒の騎士団ルート（ギアスifルート）
通稱：ギアスifルート
在第1輪中，經由特定路線與特定行動可累積名為「ゼロポイント」的隱藏分數。
當達成一定點數後，於**第49話「ゼロとルルーシュ」**會出現選項：
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選擇「試著相信ゼロ」即可進入本路線。
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若未達條件或選擇「不相信ゼロ」，則會進入正規的ゼロ・レクイエム路線。
如同無印Z，本作於第2輪起即使未累積ゼロポイント也會無條件出現選項。
與原作路線的差異：
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直到結局為止，劇情將有所變化，尤其是：
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Code Geass、Gundam W、原創勢力的劇情變動最大。
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ゼロ與C.C.不會離隊，且ロロ與ホランド（見下文）將會加入我方。
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スザク、ジェレミア、ジノ、アーニャ的加入時間將提前。
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ブレラ加入、YF-29獲得、ゴッドマーズ與グレンラガン武裝追加、刹那的技能解鎖時間會延後。
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敵我部隊配置、敗北條件、新增敵方援軍與連戰Boss等因素會略微提高遊戲難度。
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第1輪因分歧條件的關係，要同時讓ローレライ存活較困難（但非完全不可能）。
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本路線中登場的有月亮的地圖比原作多出兩張，
適合活用ガンダムDX、ガンダムX、附加Custom Bonus的ザンボット3。
if路線 追加駕駛員與機體
ロロ（ヴィンセント可翔式）
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在 第49話「ゼロとルルーシュ」中選擇 if 路線 時，直接加入我方部隊。
ホランド（ターミナス 303 SP）
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在 if路線第54話「決戦！！果てなき進化へ！」中作為我方增援登場並加入。
if路線分歧條件：ゼロポイント（第1輪限定）
ゼロポイント獲得機會共7次（實際最多可得6點），需在第37話結束時累積5點以上，才能進入 if 路線。
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序章「ブラックリベリオン」中，ゼロ擊墜コーネリア → +1點
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クメン路線第7話「暗転」通關 → +1點
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第14話「与えられた力」（中東／クメン合流）通關 → +1點
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第17話「朱禁城の花嫁」中，ゼロ擊墜大竜胆 → +1點
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第27話「ゼロVSゼロ」中，在3回合玩家行動階段前：
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擊墜五飛 → +1點
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或將ヒイロ HP 降至60%以下 → +2點
※兩者只能選其一，不能同時加分。
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第37話「銀河をステージに」結束時，ゼロ擊墜數達70機以上 → +1點
滿足5點後的劇情變化（if路線觸發條件）
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第38話「過去からの刺客」中，シャーリー會生存（限選擇エリア11路線）
→ 若走暗黒大陸路線，會由クロウ與ロジャー在戰鬥前對話中提及她的狀況，並於IM畫面中確認。 -
第39話「禁断の継承者」戰鬥前，追加ゼロ向キリコ揭露真面目的劇情事件。
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第49話「ゼロとルルーシュ」結束後，出現選項「ゼロを信じてみる／信じない」
→ 選擇「信じてみる」進入 if 路線。
→ 未滿足條件或選「信じない」，則進入原作路線。
未滿足5點時的影響
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シャーリー死亡
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不會出現選項
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無條件進入原作（ゼロ・レクイエム）路線
第3話結束後的路線分歧與影響（對ゼロポイント的影響）
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クメン路線：初期可得2點 → 建議選擇
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中東路線：初期可得1點 → 尚可
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日本路線／宇宙路線：初期得0點
→ 若走此路線，之後4次機會必須全數達成，且27話須達成 +2點條件，才能湊滿5點
→ 若序章漏掉分數，等同提前鎖死（詰當）
第2輪以後的例外
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不論是否取得ゼロポイント，皆會無條件觸發選項，シャーリー必定生存
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也就是說，シャーリー死亡只會在第1輪且分數不足時發生
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建議第2輪仍留意操作，避免可能存在的劇本錯誤或BUG