路線組合
本作存在 5 種固定組合的隱藏劇情搭配：
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SEED + ガン×ソード（A → ○ → A → A）
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SEED + ゾイド（A → ○ → B → A）
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ファフナー + ガン×ソード（B → A → A → A）
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ゴーダンナー + ガン×ソード（B → ○ → A → C）
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ゴーダンナー + ゾイド（B → ○ → B → C）
※中間「○」處的選項對隱藏要素沒有影響，選哪邊都可以。
周回建議：
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一般遊玩需 3周 才能看到全部組合（如：第1、第3、第5輪，或第2、第3、第4輪，順序不限）。
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若想用最少周回數解鎖全部，建議：
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第1輪走 B → A → A 並 在第29話結束時存檔，
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然後分別從A與C分歧中各選一次（用讀檔切換）來完成兩種組合，
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第2輪再走 A → ○ → B → A，即可快速完成全收集。
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特殊例外（ファフナー）：
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若為 周回遊玩（第2輪以後），條件會放寬，可透過以下選擇進行新組合：
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ファフナー + ゾイド（B → A → B → A）
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初次遊玩推薦路線：
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第1輪如不知道該選哪條，可選擇組合1或4（SEED + ガン×ソード、或ゴーダンナー + ガン×ソード）最穩妥。
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因為擊墜數、資金、信賴度等會繼承，ゾイド與ファフナー建議留到第2輪以後進行會比較輕鬆。
ヒロインポイント系統（影響主線發展與ED）
遊戲內部設有「ヒロインポイント（女主角點數）」系統，會影響主線劇情走向、後繼機體的駕駛員與最終ED圖像。
加點條件：
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第12-1話「蠢く翳・前編」中：
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選「與アンジェリカ合作救人」→ アンジェリカ +5
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選「自己救出シェルディア」→ シェルディア +5
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第13話「変わり果てた地球」後路線選擇：
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選「ベルリン」→ アンジェリカ +7
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選「竜宮島」→ シェルディア +7
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第16-2話「激闘！ダンナーベース！！・後編」後：
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選「ビルドベース」→ アンジェリカ +7
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選「ダリウス界」→ シェルディア +7
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第19-1話「星の扉、運命の扉・前編」結束時：
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選「讓シェルディア前往」→ アンジェリカ +10
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選「讓アンジェリカ前往」→ シェルディア +10
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點數影響與ED分歧條件：
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第19-2話「星の扉、運命の扉・後編」開始前，點數較高者成為主女主角，並搭乘後繼機體。
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同時決定最終ED內容與是否有專屬插圖。
分歧條件如下：
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アンジェリカ 17點以上 → 專屬ED（個別結局）
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アンジェリカ 15點、シェルディア 14點 → アンジェリカ優柔ED
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シェルディア 17點以上 → 專屬ED（個別結局）
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シェルディア 15點、アンジェリカ 14點 → シェルディア優柔ED
注意事項：
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若目標為特定ED，有可能需放棄其他隱藏要素或角色加入條件（例如分歧限制）。
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建議遊玩前先規劃要走的結局與收集優先順序。
レイ ＋ ステラ
要讓 レイ・ザ・バレル 與 ステラ・ルーシェ 加入，需於「A路線」滿足以下條件：
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第14-1話「離別の光・前編」中，
キラ・ヤマト不可擊墜シン・アスカ（兩人需交戰但不能由キラ擊墜シン）。 -
第14-2話「離別の光・後編」中，
不可擊墜シン・アスカ。 -
第15話「エンジェルダウン」中，
不可擊墜シン・アスカ、レイ・ザ・バレル、タリア・グラディス。
→ 滿足以上條件後，兩人將於 第30話「情愛～さよなら・後編」中以我方增援登場並加入我軍。
ハイネ
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第19-2話「星の扉、運命の扉・後編」中，
讓 ハイネ・ヴェステンフルス與アスラン・ザラ交戰一次。 -
同一話中，
使用 アスラン・ザラ對ハイネ進行說服。
→ 成功說服後，ハイネ會立即加入我軍。
マークエルフ → マークゼクス 改造繼承與戰鬥建議
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B路線第15-2話「悲しみの飛翔・後編」開始前，
若對マークエルフ進行改造，其改造狀況將會繼承到後續登場的マークゼクス。 -
本關需在3回合內擊倒フェストゥム，建議在マークエルフ加入時就先改造武器至少3～5階段，以利挑戰。
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3PP開始時會觸發自爆倒數事件，因此實際上只有4次攻擊機會。
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若能4次皆以ロングソード打出會心一擊（Critical），則只需5段階改造即可足夠輸出（實際約3段改造，費用為96000）。
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會心率約為30%，就算用SL大法（重玩）也不難達成。
若打算後續使用，可考慮直接進行全改造更為划算。
改造繼承到マークフィアー的條件
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若在第一次路線分歧時選擇「竜宮島ルート」，並已對マークエルフ進行改造，
則其改造內容將會繼承到後續登場的マークフィアー。
ファフナーフラグ2 對劇情台詞的影響
滿足與否將影響フェストゥム擊退後的過場台詞變化：
▶ 若滿足ファフナーフラグ2：
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総士：「3人とも、よくやってくれた。甲洋、咲良、ふたりとも初めての実戦でここまでできれば上出来だ」
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咲良：「ま、まだまだ…私の実力はこんなもんじゃないわ」
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甲洋：（一騎よりも俺の方が戦える…！翔子の仇も取ってやれる…！総士にも大きな顔はさせるものか…！）
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総士：「甲洋、確かにお前の実力はわかった。だが～～～」（進入甲洋與総士的深入對話）
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一騎：「避難民の収容は終わったのか？」
▶ 若未達成ファフナーフラグ2：
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甲洋：「ふん…」
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一騎：「避難民の収容は終わったのか？」（直接進入後續劇情）
ゾイド（フェルミ）加入條件
要讓 フェルミ 加入我方，需在 B路線第27話「結末」 中滿足以下條件：
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フェルミ 必須與以下三人角色中至少一人交戰過：
- レ・ミィ
- コトナ・エレガンス
- ソウタ -
第27話結束時，レ・ミィ 與 コトナ・エレガンス 的擊墜數合計需達 150 機以上。
（兩人總數，非個別達成） -
若以上條件皆達成，フェルミ會在本話通關後自動加入我軍。
ゴーダンナー（剣／ルウ・ルー）加入條件
要讓 ルウ・ルー（剣）於後期重新加入，需滿足以下條件：
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在 B第15-2話「悲しみの飛翔・後編」 中，
讓ルウ・ルー出擊。 -
同一話中，ルウ・ルー不可與擬態獣發生戰鬥（不論攻擊或被攻擊皆不可）。
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在 第16-2話「激闘！ ダンナーベース！！・後編」 中，
由ルウ・ルー親自擊墜至少1體擬態獣18号改。 -
以上條件皆達成後，ルウ・ルー將於 C第31-2話「鋼の巨人達・後編」通關後正式加入我軍。
ガン×ソード（ミハエル、ファサリナ）
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第8話「宿命のターミナル」中，在第一次或第二次的戰鬥中由ヴァン擊墜1台以上的ガドヴェド・ガオード。
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第25話「奇襲」中，由ヴァン擊墜ウィリアム・ウィル・ウー。
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A第26話「絶望の中で掴んだ光」中，由ヴァン再次擊墜ウィリアム・ウィル・ウー。
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A第26話「絶望の中で掴んだ光」中，カロッサ與プリシラ發生戰鬥，且カロッサ被ヴァン擊墜。
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A第27話「幸せへのカウントダウン」中，由ヴァン擊墜ファサリナ。
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A第27話「幸せへのカウントダウン」中，由ヴァン擊墜カロッサ、メリッサ其中一人或兩人（即使是復活後的カロッサ也可以）。
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第32-1話「リセットされる世界・前編」中，擊墜クー・クライング・クルー（カギ爪の男）之後，再擊墜ファサリナ與ミハエル・ギャレット（順序不限）。
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第32-1話「リセットされる世界・前編」結束後加入我方。
BGM：Separation［pf］追加：確定
當未達成ファフナーフラグ1、3時，會播放的BGM（若未播放則表示已成功達成ファフナーフラグ）。
方法一：
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B第15-2話「悲しみの飛翔・後編」中，未擊墜スフィンクスC型種且經過第3回合玩家回合（3PP），或マークゼクス的HP降至30%以下。
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羽佐間 翔子的自爆事件中會播放BGM「Separation［pf］」。
方法二：
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從第23話「結成！ ディカルド討伐軍」到A第30-1話「情愛～さよなら・前編」之間，咲良、近藤 剣司、小楯 衛、カノン・メンフィス、日野 道生等角色中，有任一人在任一話數未曾出擊過一次。
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日野 道生的自爆事件中會播放BGM「Separation［pf］」。
另外，無論在第1輪是否解鎖此BGM，第2輪開始後即可從設定中直接選擇此曲目。