様々な世界がクロスゲートと呼ばれる門によって繋がれた異世界エンドレス・フロンティアでは、近年ミルトカイル石と呼ばれる謎の結晶が世界各地に現れる怪現象が発生していた。
賞金稼ぎのハーケン・ブロウニングは、部下のアンドロイドアシェン・ブレイデルや和の国の皇族楠舞 神夜（なんぶ かぐや）とそのお目付役の錫華姫（すずかひめ）とともにこの怪現象の調査に乗り出した。
道中、エンドレス・フロンティア以外の世界からやってきたという有栖 零児（ありす れいじ）、小牟（シャオムゥ）、KOS-MOS（コスモス）などを味方に付けた一行は、ミルトカイル石、ひいてはエンドレス・フロンティアの秘密に迫っていく。