雖然Omega Zero被打敗，但手握新·阿卡迪亞大權的仍是拜魯博士。娜珠一隊遊歷隊被拜魯博士的手下襲擊，Zero及時出手相助，並得知有部分人類從新·阿卡迪亞逃出，為避免被拜魯利用權力處決，到百年前太空殖民地“歐羅西亞”墮落的地點“零號基地”(Area Zero) 村落居住。 ZERO替雪兒博士觀察當地自然環境的回复。返回新·阿卡迪亞的拜魯博士，在引回OMEGA的真正形態“Omega”失敗後，開始了另一個計劃——“神之黃昏” (Ragnarok，又名諸神之黃昏) ，暗示人與雷普利機器人的黃昏。他召集了“靈亡八斗士” (Einherjar) 【又稱八判官】，以進行其計劃，同時要把Zero抹殺。但靈亡八斗士的首領卡夫通(Kraft) 似乎與“零號基地”的遊歷隊女戰地記者娜珠(Neige) 有關係，令整件事件變得白熱化……“靈亡八斗士”的計劃其實是要毀滅“零號基地”。經過四場對決後，反抗軍遊歷支隊收到了拜魯軍攻擊人類集落的消息，Zero馬上趕到，遇見了卡夫通，兩人在一輪對戰後，娜珠出來勸阻，並質問雷普利機器人與人類到底在今時今日的關係是甚麼。卡夫通無言以對，並捉走了娜珠到監獄。 Zero決定追擊，衝入監獄救出娜珠，途中遇見了卡夫通與拜魯，娜珠見敵不動，立刻投出閃光彈，與Zero合作逃獄。另外四位靈亡八斗士亦被Zero打敗，突然反抗軍遊歷支隊收到拜魯的直接通訊，原來靈亡八斗士只是拜魯用來拖延時間的手段，真正的目的是要用漂浮在宇宙的衛星砲台——“神之黃昏”（Ragnarok），對地面進行無差別攻擊。但是，有另外一道通訊介入，是卡夫通，他實在不憤拜魯的所作所為，身處太空神之黃昏的控制室，控制“神之黃昏”改變軌道轟向拜魯所在的新·阿卡迪亞。反抗軍遊歷支隊叫總部立刻派人救當地的居民，與此同時，Zero傳送到神之黃昏控制室，正式與卡夫通展開各自為自己信念而戰的對決。卡夫通最後重傷，繼而停止活動。回到反抗軍遊歷支隊後，他們再接到神之黃昏再次啟動的消息，不，是要整個神之黃昏要墜落零號基地。 Zero進而到新·阿卡迪亞大型輸送基地，及輸送迴線中的網絡，以趕到“神之黃昏” 的核心部分。在核心部分的頂層，Zero見到受了重創的拜魯。拜魯說自己其實只是曾經是人類，是但被放逐他的人們將他改造成不死之身後放逐到太空，因此憎恨著人類。拜魯發誓要向所有人類復仇。他與神之黃昏核心合體，變成戰斗形態，Zero擊敗他後，仍然無法阻止神之黃昏高速墜下。此時未喪命的拜魯用盡全力與神之黃昏徹底融合，Zero還是打敗了他。但是，神之黃昏的下降速度已經無法接受傳送、通信之類的活動了，Zero與神之黃昏一起墜入大氣層，人們在此時看見了流星，祝福著Zero，雪兒跑出控制室，在樹下痛哭不止，但是雪兒她相信著Zero一定還活著。突然，畫面就轉到了某處：在沙漠裡，只留下了神之黃昏的殘骸和水晶已經破碎的頭盔，一個英雄的一生結束了。 （關於“水晶說”其實是不正確的，因為x系列的Zero水晶是直接鑲嵌在頭上的，不可能分離，Zero可能化為電子精靈，但官方並未明確說明。故暫且認為他已經死去）