一隻不明來歷的宇宙船墜落在一個雪山上。雪兒博士從中探測到與“黑暗精靈”一樣的能量源，Zero在調查時，遇到巨大的思考型機器人“Omega（Ω/歐米茄)” 。趕來的賢將和Zero雖然打敗了Omega，但Omega卻復甦了。之後一名自稱“拜魯博士” (Dr. Vile，美版為Weil) 的科學家使喚Omega停止攻擊。這個一百年前被放逐的科學家和Omega被突然出現的很像X的思考性（雷普利）機器人——Copy- X-II （Copy-X的複制體）宣布重新成為新·阿卡迪亞的一員，並挑釁Zero盡快找到“黑暗精靈”。賢將深知拜魯曾經發動“精靈戰爭/妖精戰爭” (Elf War) ，但也不能逆Copy- X-II 的意思，便隨一眾離去。唯Zero一人不明拜魯“讓我看看你那個身體還能撐多久”一言。重整後的反抗軍，開始調查新·阿卡迪亞最近的變動，也挑起了對拜魯和八審官的決戰。為了全力尋找“黑暗精靈”的拜魯與Copy-X-II 將內藏Omega的導彈發射向人類居住區，Zero任務失敗，無法阻止Omega與黑暗精靈合體，賢將試圖阻止Omega卻被其打倒， Zero只能救回被其重傷的賢將一起撤退。之後COPY-X-II 向雪兒博士要求分出“雪兒系統”，但雪兒不相信拜魯一眾，拒絕要求後，反抗軍們立即被Copy-X-II 定為恐怖分子。迎擊新·阿卡迪亞的進攻後，Zero潛入新·阿卡迪亞的高空總部——Copy-X-II 所在的地點，Copy-X -II戰敗的時候，真正的X 出現，告知兩人事實，Copy-X-II 不信，欲變身卻引發拜魯設下的自爆程序，ZERO亦正中了拜魯的圈套：被誤以為是殺死新·阿卡迪亞統治者的兇手，拜魯順理成章成為了新的統治者。反抗軍繼續尋找有關拜魯、Omega、黑暗精靈與精靈戰爭的資料，發現了令人惊栗的事實：自非正規品（異常者）戰爭後，電子精靈被大量使用，當中力量最大的為“精靈之母（馬薩精靈）” (Mother Elf) 。野心科學家拜魯博士，將精靈之母變成黑暗精靈，用Omega和她的力量，殘忍得殺害了90%的思考性機器人以及60%的人類，史稱“精靈戰爭”。 Zero知道真相後誓要打敗Omega，闖到“新·阿卡迪亞地下” (Under Arcadia) 動力部，再到拜魯的地下研究所。先後打敗Omega兩個形態後，Zero著地於曾封印自己的地方，面對Omega的終極形態——真正的Zero。拜魯聲稱Zero的身體只是複制出來的，OMEGA才擁有Zero的真正身體。不過Zero還是擊敗了只有Zero身體卻沒有Zero的心的Omega，正當黑暗精靈讓Omega復甦之際，三天王聯合攻擊Omega，精靈X出現，把事情因由告知Zero。 Zero最後選擇了自己的命運，手執Z光劍、奔向Omega，毀掉了真Zero的身體。而X則解除了拜魯施在黑暗精靈的詛咒。