反抗軍從新·阿卡迪亞中救出一人艾爾皮斯 (美版為Elpizo，日版為Elpis) ，在逃出作戰中發現其有指揮的潛能，便讓其擔任指揮官。自Zero於新·阿卡迪亞失踪後，反抗軍處於劣勢且艾爾皮斯渴望成為英雄，故此召集軍力，準備“正義之一擊作戰”，進攻新·阿卡迪亞。另一方面，新·阿卡迪亞官方由於要避免Copy-X死亡造成的恐慌，賢將赫爾比亞負起了領導的重任。與雪兒分離後獨自苦戰一年的Zero，在沙漠不支倒地後被新·阿卡迪亞四天王的賢將救回反抗軍基地。新司令官艾爾皮斯深被返回反抗軍的Zero的“英雄”名譽所影響而試圖讓其協助“正義之一擊”作戰徹底擊敗新·阿卡迪亞。雪兒博士則同時急於開發“雪兒系統”，希望可以避免“正義之一擊作戰”，挽救能源危機所帶來的破壞和傷亡。 “正義之一擊作戰”終告失敗，反抗軍死傷慘重，新·阿卡迪亞立即展開討伐計劃：試圖用巨型飛艦連同炸彈一起摧毀反抗軍基地。成功阻止的ZERO又再收到一個不利的消息：艾爾皮斯失踪，似乎是不停地要闖進新·阿卡迪亞的高度設防地點———“乾坤樹”(Yggdrasil) 。經過幾次追尋艾爾皮斯，他對於英雄的渴望令他奪去了兩隻“嬰兒精靈” (Baby Elves) ，用來尋找並解除在“乾坤樹頂”的“黑暗精靈” (Dark Elf)的封印，取得力量，粉碎新·阿卡迪亞並成為英雄。 ZERO再三追尋急於擊敗新·阿卡迪亞的艾爾皮斯，直到“乾坤樹頂”，也是 X 用自己的身體封印“黑暗精靈”的地方。艾爾皮斯破壞X的身體，釋放了“黑暗精靈”，卻被這種力量迷惑，但終被Zero所打敗，重傷的艾爾皮斯非常悔疚，“黑暗精靈”把他化成電子精靈後就向著未知的地方飄去。某處，一位野心科學家說道：“Omega，該你登場了。”。