非正規品(異常者）戰爭正式結束後， X 創造出一個人類與思考性（雷普利）機器人共存的理想而和平的社會，世稱“新·阿卡迪亞” (Neo Arcadia；Arcadia：世外桃源) 。但由於某些原因，帶領著這國度的X突然失踪。新·阿卡迪亞政府擔心X的失踪會引起恐慌，所以命天才科學家少女雪兒博士以X的DNA 製造出X的複制體——Copy-X。介於當時阿卡迪亞能源嚴重短缺，Copy-X不得已的情況下選擇處決無貢獻型機器人讓人類繼續發展，此行為被一部分人和機器人誤解為暴政。雪兒博士得知很多機器人被無故處死後，心生憐憫，帶領著一部分將要被處決的思考型機器人逃離新·阿卡迪亞，組成“反抗軍”(Resistance) 。但她深明只作抵抗並不能解決問題，直至她想起一個傳說：一位於一百年前被封印的最強紅色非正規品（異常者）獵人——Zero。雪兒博士解除了被封印於謎之研究所的Zero，由於當時她被新·阿卡迪亞追捕，失去記憶的Zero願協助雪兒，遇見將光束劍還給他的已經化成電子精靈的X ，擊敗由X的部分DNA所製造的四天王，攻上新·阿卡迪亞核心部，百經四天王阻撓，其中隱將帶著對Copy-X的忠心自爆而死。最終Zero在神殿打敗了Copy-X 。之後Zero選擇了一條與雪兒不同的道路——“要是有敵人出現在我眼前的話…我就將他們…擊倒！”