本作是洛克人X系列遊戲的其中一作，X系列設定為西元21XX年的地球，故事中的人類製作出具有人類一般的思考及情感功能的「思考型機器人」（Repliroid）。由於思考型機器人可能因為各種原因犯罪，人類成立了一個名為「非正規獵人」（Irregular Hunter）的虛構組織，組織成員大部分是思考型機器人，致力於取締被命名為「非正規」（Irregular）的犯罪思考型機器人。X系列即是玩家操作主角艾克斯及其同伴，對抗因各種原因作亂的機器人們，試圖恢復和平的遊戲系列。
《指令任務》設定為西元22XX年，地球的居民在隕石中、發現了一種名為「能量金屬」（Force Metal）的虛構物質。這種金屬能夠強化思考型機器人的性能，但裝備過度反而會造成機體負擔。為了方便管理，聯邦政府設立了名為「巨人島」（Gigantis）的人工島嶼，該金屬的採掘由島嶼居民負責。但島上一名叫伊普西隆的思考型機器人率眾佔領了島嶼並宣布獨立，聯邦政府於是派遣艾克斯等人潛入基坎提斯，協助反抗軍對抗伊普西隆。
《指令任務》設定為西元22XX年，地球的居民在隕石中、發現了一種名為「能量金屬」（Force Metal）的虛構物質。這種金屬能夠強化思考型機器人的性能，但裝備過度反而會造成機體負擔。為了方便管理，聯邦政府設立了名為「巨人島」（Gigantis）的人工島嶼，該金屬的採掘由島嶼居民負責。但島上一名叫伊普西隆的思考型機器人率眾佔領了島嶼並宣布獨立，聯邦政府於是派遣艾克斯等人潛入基坎提斯，協助反抗軍對抗伊普西隆。