時間點發生於洛克人X3的事件結束之後,某日發生了思考型機器人們的程式突然消失的大規模事件,這些思考型機器人彷彿就像是失了魂一樣,如同廢鐵般動彈不得,尤其是在位發生在南洋之島「拉格斯島」的情況最為嚴重,艾克斯、傑洛與在非正規戰警總部中擔任實習生的愛麗絲共同展開調查,但卻發現過去打倒的敵人相繼復活的現象。
此時,此事件的主謀貝爾卡娜對艾克斯與傑洛下了挑戰書,兩人便接受了挑戰,來執行奪回思考型機器人們靈魂的任務。
此時,此事件的主謀貝爾卡娜對艾克斯與傑洛下了挑戰書,兩人便接受了挑戰,來執行奪回思考型機器人們靈魂的任務。