時間點發生在『洛克人X2』的事件之後,某日非正規獵人基地中的馬薩電腦突然受到網路攻擊,各項網路數據被竄改導致了混亂,為此艾克斯與非正規獵人中的天才機器少年米迪 合作,潛入馬薩電腦中調查此事,而在馬薩電腦的資料中必須與過去打倒的敵人對戰。
但調查後卻發現此事件的犯人竟是米迪的哥哥-已經非正規化的機器人提克諾,而幕後的指使人又是西格瑪,艾克斯又將出動阻止他的野心。
但調查後卻發現此事件的犯人竟是米迪的哥哥-已經非正規化的機器人提克諾,而幕後的指使人又是西格瑪,艾克斯又將出動阻止他的野心。