多年來西格瑪(シグマ╱Sigma)引起了不少雷普利機器人(レプリロイド╱Repliroid)叛亂，在經過多次的戰亂後，地球 的環境日益惡化。人類只好開始計劃遷至月球居住並且興建通往月球的天梯，這個計畫被稱為「雅各計畫」(プロジェクト・ヤコブ╱Project Jacob)。在軌道輸送帶完成後，便開始執行運送物資的工作，並將這座連接地球與月球的輸送帶稱作「雅各」（ヤコブ╱Jakob，國際中文版將之翻作「雅科布」）。
某天，輸送帶發生了意外，運輸中的貨櫃發生爆炸並脫離軌道，艾克斯(エックス╱X)剛好在附近巡邏，於是前往查看，卻看到一堆西格馬從摔壞的貨櫃中走出，艾克斯看地目瞪口呆，這時所有「西格瑪」都變回他們原來的樣子，有個機器人從中冒出，他就是雅各的管理員 - 露明尼 (ルミネ╱Lumine)，經過露明尼解釋後，得知這些都是「新世代雷普利機器人」(新世代レプリロイド╱New Generation Rpliroid)，擁有著複製 DNA 晶片的能力，就算使用西格瑪的DNA變身成他，也不會發生問題。
以下劇情出現在序幕關卡中：上次(X7.紅色警戒)事件過後不久，升降塔附近竟發生機器人暴動的異常現象，艾克斯、傑洛(ゼロ╱Zero)和艾克賽爾(アクセル╱Axl)得知後，便立刻前往發生異常的諾亞公園(ノアズ・パーク╱Noah`s Park)調查。當他們以為完成任務時，卻遭到飛彈襲擊，而攻擊他們的是應該已經被處分的異常機器人 霸法(ヴァヴァ╱Vava)。他綁架露明尼，並宣稱會建造新的世界，隨即離去。一場無法避免的戰鬥即將展開……。
某天，輸送帶發生了意外，運輸中的貨櫃發生爆炸並脫離軌道，艾克斯(エックス╱X)剛好在附近巡邏，於是前往查看，卻看到一堆西格馬從摔壞的貨櫃中走出，艾克斯看地目瞪口呆，這時所有「西格瑪」都變回他們原來的樣子，有個機器人從中冒出，他就是雅各的管理員 - 露明尼 (ルミネ╱Lumine)，經過露明尼解釋後，得知這些都是「新世代雷普利機器人」(新世代レプリロイド╱New Generation Rpliroid)，擁有著複製 DNA 晶片的能力，就算使用西格瑪的DNA變身成他，也不會發生問題。
以下劇情出現在序幕關卡中：上次(X7.紅色警戒)事件過後不久，升降塔附近竟發生機器人暴動的異常現象，艾克斯、傑洛(ゼロ╱Zero)和艾克賽爾(アクセル╱Axl)得知後，便立刻前往發生異常的諾亞公園(ノアズ・パーク╱Noah`s Park)調查。當他們以為完成任務時，卻遭到飛彈襲擊，而攻擊他們的是應該已經被處分的異常機器人 霸法(ヴァヴァ╱Vava)。他綁架露明尼，並宣稱會建造新的世界，隨即離去。一場無法避免的戰鬥即將展開……。