自太空殖民地「歐拉西亞」在前兩作時的墜落，地球雖無滅絕，但地上的環境變成一片荒蕪，經過思考型機器人們的共同努力下，地球復興之期指日可待。但艾克斯因懷疑武力減少非正規化發生的可行性而退下火線，令獵人缺少了重要的力量，非正規機器人的發生率亦間接增加。一群思考型機器人見情況日下，毅然組成自警集團「紅色警戒」，動用私刑處決非正規機器人。直到某天……
高速公路上發現非正規的蠍子形機器人，傑洛奉命到現場鎮壓，卻遇上了從「紅色警戒」逃走出來的神秘思考型機器人艾克塞爾，兩人合作打敗蠍子形機器人，傑洛要求他一同返回獵人總部解釋前因後果。回到基地後，大廳的螢幕突然出現了「紅色警戒」首領－雷德的影像，他要求獵人們交出艾克賽爾，然後無視艾克斯的置之不顧並鄙視他的引退，雷德出動八位獎金獵人向非正規獵人挑戰。艾克賽爾去意已決，想將功贖罪的心也不被艾克斯阻止，便隨傑洛一起步向新一場戰鬥中。
高速公路上發現非正規的蠍子形機器人，傑洛奉命到現場鎮壓，卻遇上了從「紅色警戒」逃走出來的神秘思考型機器人艾克塞爾，兩人合作打敗蠍子形機器人，傑洛要求他一同返回獵人總部解釋前因後果。回到基地後，大廳的螢幕突然出現了「紅色警戒」首領－雷德的影像，他要求獵人們交出艾克賽爾，然後無視艾克斯的置之不顧並鄙視他的引退，雷德出動八位獎金獵人向非正規獵人挑戰。艾克賽爾去意已決，想將功贖罪的心也不被艾克斯阻止，便隨傑洛一起步向新一場戰鬥中。