西格瑪在將太空殖民地「歐拉西亞」引下地球並墜落。艾克斯與傑洛一同力戰西格瑪，最後傑洛和西格瑪互相向對方放出致命一擊。大難不死的艾克斯手持好友的Z光束劍，繼續守護地球的和平和幫助進行復興計劃。災難過後，地上的環境變得荒蕪，人類亦轉到地下居住，由思考型機器人和重工型機器人負責重建工作。
「歐拉西亞」墜落處旁的沙漠上，站著一位穿著白袍的思考型機器人──凱特，對這太空殖民地的廣大遺跡感到好奇的同時，他發現了一塊與別不同旳碎片，決定把它帶回研究所分析。一星期後，蓋特在研究所中發現該碎片擁有巨大力量，並開始加以利用……
「歐拉西亞事件」後三個星期，休息中的艾克斯夢見了傑洛並告訴他地球即將有危機出現。此時警報大響，艾克斯被艾莉亞叫醒，到「歐拉西亞」墜落處阻止一部故障的重工型機械。並配戴衝刺性能尚未修復的飛鷹鎧甲、傑洛的遺物－Z光束劍並前往地點。該巨型作業機械被打敗後發生爆炸，說時遲那時快，一個與傑洛極之相似的紫色身影降臨於艾克斯的面前，一劍將那機械的殘骸斬至粉碎，再一言不發地離開現場！「傑……傑洛？！」艾克斯與艾莉亞不敢相信剛才發生的事，但危機又再次迫近一名自稱海馬克斯的神秘思考型機器人緊隨紫色的傑洛到場，艾克斯不滿他重傷傑洛為一夢魘（Nightmare），並且挑起戰鬥。海馬克斯的能力強大，他將艾克斯置之不理，亦叫艾克斯不要插手。
及後不久，凱特的助手艾索克發表公開演說，聲稱「夢魘」現象日益瀕繁，而傑洛的出現是當中的因由，有見及此，凱特將會建立一個脫離「夢魘」的國度，並且派出八位調查員去搜集「夢魘傑洛」的資料。艾克斯對凱特的動機深感懷疑，決定闖進調查區域調查這場陰謀……
「歐拉西亞」墜落處旁的沙漠上，站著一位穿著白袍的思考型機器人──凱特，對這太空殖民地的廣大遺跡感到好奇的同時，他發現了一塊與別不同旳碎片，決定把它帶回研究所分析。一星期後，蓋特在研究所中發現該碎片擁有巨大力量，並開始加以利用……
「歐拉西亞事件」後三個星期，休息中的艾克斯夢見了傑洛並告訴他地球即將有危機出現。此時警報大響，艾克斯被艾莉亞叫醒，到「歐拉西亞」墜落處阻止一部故障的重工型機械。並配戴衝刺性能尚未修復的飛鷹鎧甲、傑洛的遺物－Z光束劍並前往地點。該巨型作業機械被打敗後發生爆炸，說時遲那時快，一個與傑洛極之相似的紫色身影降臨於艾克斯的面前，一劍將那機械的殘骸斬至粉碎，再一言不發地離開現場！「傑……傑洛？！」艾克斯與艾莉亞不敢相信剛才發生的事，但危機又再次迫近一名自稱海馬克斯的神秘思考型機器人緊隨紫色的傑洛到場，艾克斯不滿他重傷傑洛為一夢魘（Nightmare），並且挑起戰鬥。海馬克斯的能力強大，他將艾克斯置之不理，亦叫艾克斯不要插手。
及後不久，凱特的助手艾索克發表公開演說，聲稱「夢魘」現象日益瀕繁，而傑洛的出現是當中的因由，有見及此，凱特將會建立一個脫離「夢魘」的國度，並且派出八位調查員去搜集「夢魘傑洛」的資料。艾克斯對凱特的動機深感懷疑，決定闖進調查區域調查這場陰謀……