「還記得，曾經擁有翅膀之時」
當思念跨越一萬兩千年的時光，那份情感將彼此緊緊相繫。
當太陽、月亮與火星再次交會，嶄新的合體旋律便隨之響起——！
在湘南海岸飄浮的小島——江之島，座落於此的正是靜謐美麗的「私立江之島學園」。
這所學園網羅來自全國的優秀學子，並運用最先進的機械技術，致力於英才教育。
其中，被選入特別強化班「元素人」的颯虎、璃美也、外史三人，
被迫遵從命令，駕駛著一種由情感之力驅動的戰鬥機——VECTOR MACHINE，
與神秘的侵略兵器「神話獸」展開殊死戰鬥。
在戰鬥之中，颯虎在一股不可思議的幻象指引下，熱血吶喊——
「想星合體！GO，Aquarion！」
在無數次的輪迴交錯之中，機械天翅 Aquarion 終於現身！
這些背負宿命的少年少女，
在神秘組織「宇宙卵之會」與大人們錯綜複雜的思緒交織下，
逐步揭開宇宙隱藏的真相……。
這是一段將情感與宇宙存亡作為賭注，
所編織而成的——
壯麗無比的愛之神話！
