近未來的地球，受到自然災害的影響而變得荒廢。世界陷入混亂和爭端，因為一個名為「オルファン」的巨大遺跡在海底被發現。一個名為「リクレイマー」的組織計劃浮出「オルファン」並進入太空，他們計劃通過恢復世界各地出現的巨大「プレート」來製造巨大的人型兵器「グランチャー」，以擴大他們的軍事實力。一位名為「伊佐未勇」的成員，由「伊佐未ファミリー」指導，與同事「カナン・ギモス」一起負責回收這些「プレート」。然而，在這個過程中，「プレート」的復活開始，並且「グランチャー」的宿敵「ブレンパワード」也隨之產生。在這個時刻，一位名叫「宇都宮比瑪」的孤兒女孩，偶然目睹了「ブレンパワード」（又稱「ヒメブレン」）和「伊佐未勇」之間的連結，這使勇下定決心。
隨著時間的推移，「オルファン」開始浮出，情勢變得越來越嚴重。由於不斷重複的地震和海嘯，沿海城市的功能受到瘫痪，許多人類成為難民。比瑪與「ヒメブレン」一起成為聯合國主導的新一代武器「鑑ノヴィス・ノア」的成員，以對抗「リクレイマー」。在這個時刻，勇乘坐著水色的「ブレンパワード」（又稱「ユウブレン」）出現在比瑪面前。勇與「オルファン」內被遺棄的「ブレンパワード」建立了聯繫，然後逃離了「オルファン」。勇被伊佐未家族的祖母「直子」和新一代武器「ノヴィス・ノア」所接納，而跟隨勇的卡南也加入了他們。然而，勇的姐姐「クインシィ・イッサー」（又稱「伊佐未依衣子」），憤怒於家庭內的背叛，與「ジョナサン・グレーン」一起發起無情的追擊，戰鬥變得更加激烈。
在人們的意願交織在一起的同時，「オルファン」繼續浮出。由於伊佐未一家三代之間深刻的仇恨，以及「アノーア・マコーミックノヴィス・ノア艦長」和「ジョナサン」之間的親子情感，故事以這兩個家庭的人際關係為中心進行。