2305年、地球全土を覆う情報生命体スカブコーラルに対し、公共福祉査察軍は「ネクロシス作戦」を発動する。これは、スカブの中枢であるウッドストックに決戦弾頭シルバーボックスを撃ち込み、その音響攻撃によってスカブを殲滅しようとする計画だった。しかし、作戦の立案者であるアドロック・サーストン大佐は自らの誤りに気づき、人型コーラリアンのエウレカを連れて、KLFオリジネート・ゼロで脱走する。
多くの犠牲を払いながらも作戦は成功寸前まで進んだが、シルバーボックスが暴走したことで事態は一変する。地上はマルチプライズの衝撃波に飲み込まれ、人類は滅亡の危機にさらされる。アドロックは弟子のホランド・ノヴァクにエウレカを託し、自らシルバーボックスへ突入。マルチプライズを食い止めた末に、その身を消した。この災厄は後に「サマー・オブ・ラブ」と呼ばれ、アドロックは地球を救った英雄として語り継がれることになる。
それから10年後。アドロックの遺児であるレントンは、父の元部下だったビームス夫妻の養子として育てられ、14歳の思春期を迎えていた。田舎で退屈な毎日を送っていた彼の前に、白いKLFニルヴァーシュに乗ったエウレカが現れる。彼女に一目で心を奪われたレントンは、ホランド率いるファシリティガードに加わる。だが、エウレカが人間ではない存在であることを知って戸惑い、ホランドとも衝突してしまう。
やがてファシリティガードを飛び出したレントンは、ビームス夫妻と再会し、不器用ながらも家族の温かさに触れる。また、少数宗教ヴォダラクの少女の死を目の当たりにし、自分の行動が持つ重さと責任を痛感する。さらに、ビームス夫妻が軍の依頼によってエウレカ抹殺の任務を負っていることを知ったレントンは、ふたりに別れを告げ、再びエウレカのもとへ戻るため荒野を駆け出していく。
