かつて、突如として現れた正体不明の敵「アンノウン」。
人類はその脅威に対抗するため、「超進化鉄道開発機構」、通称「ERDA（エルダ）」が新幹線を変形させたロボット「シンカリオン」を開発。未知の敵に備えた。
「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」
中学2年生の大成タイセイは、2年前に失踪した姉の手がかりを追い、進開学園中等部に転入する。しかし、転入直後に10年ぶりの“アンノウン”出現という緊急事態が発生する。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として驚異的な適性を持つことが判明し、彼は迷いながらも闘う決意をする。
“アンノウン”の正体とは何なのか？
その目的はどこにあるのか？
闘いを通じて、少年たちが見出す真実、成長、そして絆の物語が今、動き始める──。
