21世紀前半に国際連合が崩壊した近未来。国境の意味が無くなり、割れたステンドグラスのように疎らになった世界は『正統王国』『資本企業』『情報同盟』『信心組織』の四大勢力に別れ争っていた。既存の兵器では歯が立たない超大型兵器『オブジェクト』の台頭により、戦死者を出さない『クリーンな戦争』が行われている。
オブジェクトの設計士を目指すクウェンサーは戦地派遣留学生として『正統王国』の第37機動整備大隊に派遣され、貴族の嫡男であるヘイヴィアと共に日々を過ごしていた。派遣先でオブジェクトのパイロット『エリート』であるミリンダに出会う。そしてある作戦以降、クウェンサーとヘイヴィアは各地を転々とし、生身でオブジェクトと戦う羽目になる。