西暦2118年、異星人ドラクターの侵略によって人類の99.9％が死滅した。生き残った者たちは地球を取り戻すために「オブリビオンベイ」を結成し、巨大ロボット「ローグ」を建造して反撃の機会をうかがっていた。一方、多くの人々は記憶を操作され、侵略の記憶を持たないまま、シェルター「イクシア」に建設された町で平穏な日々を送っていた。
西暦2121年、イクシア内の赤城町で暮らす高校生・一大寺大和もまた記憶を操作され、鬱屈した日々をケンカに明け暮れていた。ある日、大和はケンカ仲間の土方龍吾と共に、同じ学校の浅海輝からメガトン級ローグ「ムサシ」のパイロットとしてスカウトされる。やがて失われていた記憶を取り戻し、家族をドラクターに殺されたことを思い出した大和は、復讐を胸にムサシに搭乗し、戦いの渦へと身を投じる。
ムサシの参戦により地球側は反撃へ転じるが、ドラクターに関する情報が漏洩していることが発覚。地球側の敗北が現実味を帯びる中、オブリビオンベイの司令官・南沙也加は、他のシェルターを巡って宇宙戦艦「アメノムラクモ」の設計図を集め、対抗戦力を整える作戦を開始する。そのため、イクシアを浮上させることが決定され、高性能AIを搭載するアンドロイド・芥川康太が操船士として任用される。
戦力の増強も進められ、医療部に所属していた雨宮零士がメガトン級ローグ「アーサー」のパイロットとして参戦。さらにストリートギャングのボス・霧島ジュンと、格闘技に秀でた早乙女萌々香が「マキシマス」のパイロットとして迎え入れられる。天才メカニック・金田一巧も技術班に加わり、戦力は次第に充実していく。
一方、ドラクターの女王・クロウゼード・ライアの娘であるアーシェム・ライアは、命令によりローグのパイロット暗殺のためイクシアに潜入。だが、暗殺対象である大和に惹かれ、やがてシドルと人類の共存を望むようになる。そして母に反旗を翻す決意を固める。大和もまたアーシェムの影響を受け、ドラクターの殲滅という考え方を変えていく。
アーシェムの裏切りを察知したクロウゼードは、彼女もろともイクシアを破壊するよう命令を下し、ドラクター軍が総攻撃を開始。アーシェムに想いを寄せるグリファース・クレドは、彼女を確保すべくダークナイトに搭乗しイクシアへ侵入する。
ドラクターの猛攻の中、浮上準備を進めるイクシアだったが、ドラクターのスパイ・竹熊繁弘によって南沙也加が命を落とす。その後、司令官はマーガレット・ブレクネンに交代し、戦艦イクシアは無事浮上、敵艦隊を一掃することに成功する。
浮上戦の最中、アーシェムの処遇を巡って大和とグリファースが対立し、アーシェムはひとり地上に取り残されることとなる。シェルター外で地球人・ヴィクト・イーガーと出会ったアーシェムは、荒廃した地上で生きる決意を新たにする。
