西暦1999年に地球に落下した異星人の宇宙船（後のSDF-1 マクロス）から発見されたオーバーテクノロジーによって人類は恒星間航行の技術「フォールド」を手に入れた。しかし、異星人との戦争「第一次星間大戦」を経験した人類は、自分たちがいかに無力な存在であるかを思い知らされ、宇宙移民計画を実施する。様々な移民船団が銀河系に散って行き、発見された惑星への移民が行われていった。しかし、宇宙生物との遭遇はバロータ戦役、バジュラ戦役といった戦いにも発展した。
バジュラ戦役から1年後の2060年、民間軍事会社S.M.Sのセフィーラ支社に所属するパイロット、リオン・榊はYF-25 プロフェシーを届けるために辺境の惑星ウロボロスを訪れるが、謎の機体によって撃墜され、S.M.Sウロボロス支社の支社長アイシャ・ブランシェットに救われる。YF-25を届け任務を達成したリオンは帰ろうとするが、星にウロボロスオーロラという時空の障害が発生し、帰れなくなる。
リオンはS.M.Sウロボロス支社で仮社員として遺跡調査に協力することになるが、遺跡の地下で記憶を失った少女ミーナ・フォルテを発見する。どうやらミーナは遺跡に関わる存在らしく、彼女によると遺跡とこの時空の異変が関係しているらしい。リオンたちは遺跡の調査を進めるうちに、時空を超えた伝説の歌姫やパイロットたちと出会うことになる。
