主人公・鷲崎飛翔は、中学校の同級生・瑠璃を見舞った帰り道、一枚の羽「ゴッドフェザー」に接触する。そこには、太古の宇宙で繰り広げられた「聖創生大戦」の記憶が宿っていた。 それは、人類誕生以前の時代、宇宙の運命をかけて正義の戦士ライディーンと邪悪な生命体・超魔が争った戦いだった。激闘の末、ライディーンは勝利し、超魔は次元の彼方へと追放された。 しかし現代、復活した超魔は地球侵略を開始する。突然背負わされた運命に戸惑う飛翔だったが、妹たちを守るため、戦うことを決意する。
