曾經被稱為地球的行星ゾラ，無盡的沙漠延伸至何處都是。由被稱為「イノセント」（無辜者）的統治階級的人們居住在圓頂城市內，而被稱為「シビリアン」（平民）的人們則居住在城市之外。平民們從事著各種職業，包括岩石採集工（藍寶石採集者）、破壞者、運輸工人和交易商等，以維持生計。
在ゾラ，存在著一條規定稱為"3日限りの掟"的法律，它宣稱"任何犯罪，包括盜竊和謀殺，只要在三天內逃脫就不受懲罰"。然而，一位名叫ジロン・アモス的平民少年卻繼續追捕著謀殺了他的父母的破壞者ティンプ・シャローン，即使已超過三日。吉隆試圖獲得戰鬥用的Walker Machine「ザブングル」，但未成功，最終加入了擁有該機的交易商人家族“Carrying Family”的千金エルチ・カーゴ以及無法集團「サンドラット」的女首領ラグ・ウラロ等人，並搭乘ランドシップ「アイアン・ギアー」一起行動。アイアン・ギアーr的活動最終引起了イノセント的關注。隨著劇情的發展，アイアン・ギアー的成員們逐漸與反イノセント組織「ソルト」合流。
作為イノセント的真正統治者，貴族アーサー・ランク對吉隆等人表示同情，並告訴了他們真相。「シビリアン」實際上是由イノセント通過基因改造創造出來的種族，旨在將來將ゾラ（地球）交給他們。然而，由於大變革使環境發生了巨大變化，以前的地球人無法再生存下去。イノセント打算和平培育「シビリアン」，並最終將ゾラ交給他們。然而，反對派イノセント的重要人物カシム・キング背叛了這個計劃，試圖繼續統治「シビリアン」。
カシム・キング的一派綁架了エルチ並洗腦她，試圖殺死アーサー和ジロン等人。ジロン等人成功救出エルチ，並在アーサー的幫助下解開洗腦。平民們在各處發動騷亂，對抗キング的勢力，最終壓倒性地取得勝利。處於絕境的カシム試圖使用ICBM進行反擊，但在引爆過程中喪生。然而，在此過程中，エルチ受傷並失明。確定了平民方的勝利後，エルチ因內疚背叛了她的同伴，獨自駕駛ザブングル逃向荒野，但在ジロン的呼喚下回應，決心與伙伴們一起生活下去。