戰鬥機甲薩芬格爾

曾經被稱為「地球」的行星——索拉（ゾラ），如今已經成為一片無盡的沙漠之星。

在這顆星球上，統治階級被稱為「無垢者（イノセント）」，他們居住在穹頂都市之內。而被稱為「平民（シビリアン）」的庶民階級則生活在都市之外。他們以礦工（ロックマン，專門開採藍石）、破壞者（ブレーカー）、運輸業者（運び屋）、商人（交易商人）等職業維生。
索拉上有一條特殊的律法——「三日之掟（3日限りの掟）」，即「無論是盜竊、殺人，任何犯罪只要能逃過三日，就能被赦免」。然而，一名平民少年吉隆‧亞莫斯（ジロン・アモス），在雙親被破壞者汀普‧沙隆（ティンプ・シャローン）殺害後，即使三日已過，仍執意追捕他以報仇。

為了達成目的，吉隆試圖奪取戰鬥用行走機械（ウォーカーマシン）「薩芬格爾（ザブングル）」，卻未能成功，反而與其原本的持有者——商隊「凱林家族（キャリング一家）」的大小姐艾露琪‧卡戈（エルチ・カーゴ），以及無法者組織「沙鼠（サンドラット）」的女性領袖拉格‧烏拉洛（ラグ・ウラロ）等人，一同登上陸戰艦（ランドシップ）「鋼鐵齒輪號（アイアン・ギアー）」，並開始共同行動。

隨著鋼鐵齒輪號的活躍，他們的行動逐漸引起無垢者的關注，最終更與反抗無垢者的組織——「鹽（ソルト）」合流。

此時，真正的無垢者統治者——貴公子亞瑟‧朗克（アーサー・ランク）向吉隆等人揭露了驚人的真相：
「平民（シビリアン）」其實是「無垢者」人工創造出的新種族，目的是讓他們在未來接管索拉（地球）。

由於大異變的發生，環境劇變，過去的地球人已無法適應生存。因此，無垢者選擇培育、溫和統治平民，並計畫在適當時機將星球交給他們

然而，與亞瑟理念對立的無垢者權臣——卡西姆‧金（カシム・キング）卻背棄了這項計畫，試圖永遠掌控平民。

卡西姆‧金一派綁架艾露琪，並對她進行洗腦，命令她消滅亞瑟與吉隆等人。然而，吉隆等人成功救出艾露琪，在亞瑟的幫助下解除她的洗腦。同時，各地的平民開始發動暴動，對抗卡西姆的勢力，最終成功擊潰了他的軍隊。

陷入絕境的卡西姆試圖動用洲際彈道飛彈（ICBM）反擊，卻在爆炸中喪命。然而，在這場戰鬥中，艾露琪負傷並失明。

戰爭結束後，平民獲得了勝利。然而，艾露琪因曾在被洗腦時背叛了夥伴，內心充滿愧疚，最終獨自駕駛薩芬格爾奔向荒野。

然而，吉隆追上了她，向她呼喚。最終，艾露琪回應了吉隆，決定與夥伴們一同生存下去。