西元2305年，面對覆蓋整個地球的資訊生命體「斯卡布珊瑚（スカブコーラル）」，公共福祉查察軍決定執行「壞死作戰（ネクロシス作戦）」。該計畫是將決戰彈頭「銀之箱（シルバーボックス）」射入斯卡布的中樞「伍德斯托克（ウッドストック）」，藉由其音響攻擊來殲滅斯卡布。然而，計畫制定者阿德洛克・薩斯頓上校（アドロック・サーストン）察覺錯誤，於是帶著人型珊瑚人（コーラリアン）的艾蕾卡（エウレカ），駕駛KLF「起源零式（オリジネート・ゼロ）」脫逃。
儘管伴隨著大量犧牲，作戰一度接近成功，但因銀之箱（シルバーボックス）失控，地表被多重增殖（マルチプライズ）的衝擊波吞沒，人類面臨滅亡危機。阿德洛克（アドロック）將艾蕾卡（エウレカ）託付給弟子霍蘭德・諾瓦克（ホランド・ノヴァク）後，突入銀之箱（シルバーボックス）之中，成功阻止多重增殖（マルチプライズ）並隨之消失。這場災厄日後被稱為「愛之夏（サマー・オブ・ラブ）」，而阿德洛克（アドロック）也被讚頌為拯救地球的英雄。
十年後，阿德洛克（アドロック）的遺孤蘭頓（レントン）被父親昔日部下比姆斯夫妻（ビームス夫妻）收養，正值14歲的青春期。在偏遠鄉村過著無聊生活的蘭頓（レントン），某天遇見了駕駛白色KLF「尼爾瓦修（ニルヴァーシュ）」的艾蕾卡（エウレカ）。他對她一見鍾情，並加入由霍蘭德（ホランド）率領的設施護衛隊（ファシリティガード）。然而，在得知艾蕾卡（エウレカ）並非人類後，他感到動搖，並與霍蘭德（ホランド）發生衝突。離開設施護衛隊（ファシリティガード）後，蘭頓（レントン）與比姆斯夫妻（ビームス夫妻）重逢，雖然氣氛略顯生疏，卻重新感受到家庭的溫暖。同時，他也因一名少數宗教沃達拉克（ヴォダラク）的少女之死，而深刻體認到自己行動所承擔的責任。之後，他得知比姆斯夫妻（ビームス夫妻）受軍方委託，肩負抹殺艾蕾卡（エウレカ）的任務，於是向兩人道別，朝著艾蕾卡（エウレカ）所在之處奔馳而去。
