第一季
西元2307年，年滿31歲的夏魯（シャル）成立了支援組織「費雷什特（フェレシュテ）」，開始在天人（Celestial Being，簡稱CB）的武力介入行動背後提供支援。他將過去身為重大罪犯的馮（フォン）任命為鋼彈駕駛員（Gundam Meister），正式啟動行動。
然而，在鋼彈鹵獲作戰進行途中，情勢因神秘的新鋼彈駕駛團隊「三位一體小隊（チームトリニティ）」的突然出現而急轉直下。三位一體不僅要求費雷什特解散，還要求交出其保管中的0鋼彈（0 Gundam）。對此表示抗拒的馮遭到重創，瀕臨死亡。當費雷什特等待馮康復之際，世界局勢也急遽變動：三位一體展開屠殺行動、與普托米修斯小隊（Ptolemaios team）產生衝突，以及聯合國軍的成立——人類社會迎來重大變革。
就在這時，夏魯首次察覺到組織內部存在叛徒，但已為時已晚。西元2308年，天人崩潰瓦解。
第二季
儘管CB已經瓦解，費雷什特仍繼續活動，對世界局勢保持監控，並著手改良鋼彈，以準備與存活下來的CB成員重新接觸。某天，一位早該死亡的前鋼彈駕駛希克薩（ヒクサー）突然現身，奪走了星水女神鋼彈（ガンダムサダルスード）。過去事件後，他拋棄自我，成為維達（ヴェーダ）之眼，以旁觀者的立場審視這個世界。
另一方面，馮則開始獨自行動，聯合各地反政府勢力，策劃恐怖活動。他的行動背離了CB的理念，夏魯將其認定為反叛者，重新任命希克薩為費雷什特的鋼彈駕駛員，並展開追擊。
儘管遭到費雷什特追捕，馮成功逃脫，最終付諸行動，發動了前所未見的太陽能封鎖型能源恐攻。他炸毀大量小行星，製造宇宙碎片（Space Debris）遮蔽太陽光，將地球整個捲入能源危機。然而，這場恐攻的真正目的，其實是為了查明並奪取CB核心電腦系統——維達（Veda）的位置。他成功推定主終端位於月球背面，趕往當地，卻發現早被里朋斯（リボンズ）識破行動，維達的機能早已轉移至其他終端。
這場史無前例的恐攻事件，促使大量人力被投入宇宙清理碎片，宇宙開發因而加速推進，同時為強化反恐政策，正式設立獨立治安維持部隊「A-LAWS（アロウズ）」。
之後，馮攜帶已成空殼的主終端消失，行蹤不明。 西元2311年，費雷什特與重整後的CB再度合流，故事正式進入《00I》。
