故事背景設定在遙遠的未來世界，人類面臨一種稱為「異界體（Festum）」的未知生命體入侵。這些生物擁有金色外表、以矽為基本構造，對人類世界造成極大的威脅。為了對抗異界體，人類自出生時起便會被植入特殊因子，藉此獲得駕駛名為「法夫納（Fafner）」的能力。法夫納是人類為對抗異界體而開發的終極兵器，特別用以對抗異界體所具備的讀心能力。然而，長時間駕駛法夫納，駕駛員自身也會逐漸付出沉重的代價。因此，這台機體既是人類奪回和平的最後希望，同時也成為對駕駛員最致命的雙刃之劍。
此時，位於南半球太平洋上有一座名為「龍宮島」的人工島嶼，長年與外界隔絕，並不為人類軍所認同，一直隱藏自身的位置，以避免被異界體發現。某日，好奇的島上孩童打開了無線電，意外聽到來自未知存在所傳來的聲音：「你，在那裡嗎？」這個神祕的呼喚在多年後的龍宮島再次響起，揭開了命運的新一頁。
在島上成長的主角少年「真壁一騎」原本過著看似平凡而和平的生活，卻在某日龍宮島遭到異界體攻擊後徹底改變。一騎在戰鬥的過程中逐漸發現，自己所熟悉的和平生活，實際上只是一個精心打造的虛假假象。同時，他更進一步得知，原來日本早在二十九年前已經因為異界體的侵略而徹底滅亡，而龍宮島本身正是為了延續人類未來而建造的人造要塞。
一騎不僅面對異界體的威脅，還需面對真相揭露後內心的掙扎與衝擊。他與島上的同伴共同奮戰，試圖尋找一條讓人類與異界體和平共存的道路。在戰爭的盡頭，等待他們的究竟是否會是一個充滿希望的未來呢……？
