五千年前，外星人巴比倫因太空船發生故障而降臨地球。他利用超前的科學知識和特異功能，說服當時的統治者幫他建造巴別塔，並將太空船的主要電腦和大部分設備安裝於其中。他的目的是向自己的星球發送求救信號。然而，缺乏科學知識的地球人，因為一個小錯誤導致巴別塔在即將完工時遭到嚴重破壞。失去回家希望的巴比倫最終選擇與地球人結婚，但他決定把破碎的巴別塔留給自己的後代，因此利用太空船上的設備製造了三個具有不同功能的高科技僕人，以尋找可能出現的、擁有與他相似超能力的後代。
五千年後，15歲的中學生山野浩一因為擁有超能力基因，被巴別塔發射的信號所偵測到，不情願地成為了巴比倫二世。擁有驚人智力、體能和各種超能力的他，從此與三個僕人一起對抗同為巴比倫後裔、企圖統治世界的邪惡帝王約米，為了世界和平而戰。