遠古之神"大蛇"企圖滅世，因而產生了兩位救世巫女。兩位巫女經由不停的輪迴轉世，相遇後以兩人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、卻是"日之巫女"的轉世"來栖川姬子"以及"月之巫女"的轉世"姬宮千歌音"，為了再次封印大蛇，不得不想辦法召喚傳說中的劍神"天叢雲"。大蛇的八個僕人們（人性的八個黑暗面）為阻止兩人召喚天之叢雲，而屢次對她們發動襲擊；這時，原本應該是大蛇之一順序七的"大神相馬"因為暗戀姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屢次地拯救她們，但卻又引發了另一場風波。不停輪迴的兩人，無法分離的命運，這是身為「神無月之巫女」的命運。
