星元122年，「瓦納迪斯事變」──即弗爾克范格襲擊事件──已過去21年。當年開發鋼彈的科學家被稱為「魔女」，而來自水星的少女蘇萊塔·墨丘利即將入學由貝納里特集團營運的教育機構「阿斯提卡西亞高等專門學園」。
在即將抵達學園途中，蘇萊塔意外救了在宇宙漂流的少女米奧琳涅·連布蘭，也因此使米奧琳涅逃離父親戴林格掌控、前往地球的計畫失敗。之後，蘇萊塔在米奧琳涅的推動下，被迫接受來自學園中「杰特克宿舍」宿舍長古爾·杰特克的機動戰士決鬥挑戰。
蘇萊塔以駕駛風靈鋼彈取得壓倒性勝利，卻因使用鋼彈而遭到機動戰士評議會拘捕，面臨退學危機。米奧琳涅出面交涉，決定再度決鬥；蘇萊塔在與古爾駕駛的達里巴爾迪一戰中再次獲勝，擺脫危機。
自此，蘇萊塔成為學園最強駕駛員的象徵「衛冕者」，也被認定為米奧琳涅的「未婚夫」候選人。雖然對學園生活仍感到不習慣，但她漸漸與地球宿舍的妮卡·七浦、雀丘利·潘蘭杞，以及佩爾宿舍的宿舍長伊蘭·凱萊斯等人建立起友誼。
然而，身為強化人士的伊蘭4號在發現蘇萊塔與自己並不相同後態度轉變，戰勝古爾後便向蘇萊塔發出決鬥宣言。靠著妮卡等人的協助，蘇萊塔擊敗了他駕駛的鐵騎鋼彈。決鬥中由於GUND型裝置之間互相干擾，證實風靈就是鋼彈。強化人士伊蘭的原型與其團隊設下圈套，試圖在貝納里特集團的創業育成派對上讓蘇萊塔身敗名裂。但米奧琳涅臨機應變，以推廣鋼彈安全應用為訴求創立「鋼彈公司」，成功化解危機。
接著，蘇萊塔與包括地球宿舍學生在內的同伴們，參與對抗由沙迪克·澤內利領導的葛雷斯利宿舍團隊的一場團體決鬥。沙迪克企圖奪取米奧琳涅與鋼彈公司資源，然而蘇萊塔等人最終以些微優勢取得勝利。
之後，米奧琳涅等人運用GUND技術，順利推展以醫療為主的事業。隨著業務穩健發展，貝納里特集團內部也開始實施暗殺戴林格的行動。
蘇萊塔與同伴來到集團開發基地「奎達工廠」接應戴林格與風靈。期間，普洛斯佩拉揭露了她的真實身份為埃爾諾拉·薩瑪雅，並與戴林格私下會談。不久，受沙迪克指示的地球武裝組織「弗德之黎明」突襲工廠，來自地球的魔女──蘇菲·普羅涅與諾蕾雅·杜諾克，分別駕駛烏爾魔靈鋼彈與索恩魔靈鋼彈，對工廠的MS部隊展開猛攻。
在普洛斯佩拉的引導下，蘇萊塔駕駛經改良的風靈鋼彈擊退了蘇菲等人，並親手用風靈雙手壓毀了襲擊米奧琳涅與垂死戴林格的敵軍士兵。
蘇萊塔未對自己造成的殺戮行為感到自責，反而鬆了一口氣。這一舉動卻令米奧琳涅深感震驚，並對蘇萊塔說出了：「妳是個殺人犯。」這句話，為兩人之間的關係投下了巨大的陰影。
