西元2118年，由於異星人ドラクター的侵略，99.9%的人類死亡。生存的部分人類為了奪回地球，組織了『オブリビオンベイ』，並建造了巨大機器人『ローグ』以待反擊的機會。其餘的人類則因記憶操作而忘記了侵略的事實，他們在被稱為『イクシア』的避難所裡建立的城市中過著和平的生活。
西元2121年，生活在赤城町的高中生一大寺大和被操作了記憶，帶著鬱悶的心情過著與人打架的日子。有一天，大和與其打架夥伴土方龍吾一起，被同校的浅海輝招募為巨大機器人『ムサシ』的操縦士。回憶起被ドラクター殺害家人的記憶後，大和為了復仇成為ムサシ的操縦士，投身於戰鬥。