西元2042年，地球上爆發了人類與突如出現的未知巨大生物 「擬態獸」 之間的戰爭，世界各國紛紛開發巨大機器人投入戰鬥。
日本的超級機器人「GoDannar（ゴーダンナー）」的駕駛員猿渡剛在一場後來被稱為「巨神戰爭」的決戰中，與首領級擬態獸交戰，最終失去了他的夥伴兼戀人米拉·阿卡曼（ミラ・アッカーマン）。
然而，作為代價，剛拯救了一名少女的性命—— 葵杏奈。
在那場艱難的勝利之後，五年時光流逝，儘管人類獲得了暫時的和平，但世界各地仍殘留著擬態獸的亞種，戰爭從未真正結束。
成為17歲高中生的杏奈與剛重逢並墜入愛河，最終兩人決定結婚。
然而，就在婚禮當天，日本再度出現擬態獸，剛被迫中斷儀式，駕駛 GoDannar 出擊迎戰。
杏奈也搭乘了 GoDannar 的夥伴機體—— 「Neo Okusaer（ネオオクサー）」，親自投入與擬態獸的戰鬥之中。
