高智慧行星ZI瀕臨毀滅，居民逃離自己的家園，奔向地球。在旅途中內戰爆發，宇宙船墜毀在地球，機獸新世紀ZOIDS散落在地球的各個角落，危害人間。少年里奧遇見了握有神秘力量的少女莎莉，帶著機械獸夥伴踏上拯救地球的征途。
