彗星索科涅斯、行星烏卡佩、行星斯卡爾普異常接近所引發的「大災難」，給地球帶來了天災人禍，摧毀了所有的文明。開始重建的人們在各地建立了城市（城鎮），不得不在每個城鎮生活。在這種混亂中，由謎一般的多瑪大帝統率領的秘密結社「馬克杜克軍團」開始了對各城鎮的侵略。
加入了守護美國西部維克多鎮的機械戰鬥部隊（機械戰隊）第18聯隊的ダイゴ，駕駛著父親遺留下來的古代戰士「ゴーディアン」與馬克杜克軍團戰鬥，但他的真實身份對機械戰隊是個秘密。
然而，由於內部工作和戰力的差距，維克多鎮還是落入了馬克杜克軍團之手。ダイゴ帶著倖存的市民逃到了ゴーディアン的基地聖托勒，並向市民們揭露了自己的真實身份，繼續與市民們一起抵抗，但其他城鎮都被馬克杜克軍團的勢力吞併了。 維克多鎮的地下儲存著由索科涅斯隕石中培育出的神秘能量「伊克斯特龍」。馬克杜克軍團的目標是伊克斯特龍和與其相關的「計劃X」。
地球正因烏卡佩的再次接近而面臨第二次「大災難」。拯救人類免受「大災難」的計劃就是「計劃X」。其線索就隱藏在馬克杜克軍團首領多瑪大帝統和印第安人傑羅尼莫族傳說中的「太陽的鑰匙」這個關鍵詞中。
ダイゴ等人追尋著「太陽的鑰匙」指引的線索，發現了5萬年前降落在地球的伊克斯特羅姆星人留下的移民船「阿諾號」。阿諾號的燃料是伊克斯特龍，而伊克斯特龍也正是ゴーディアン的動力。ダイゴ的父親曾經對他進行過手術，使他能夠與伊克斯特龍同調。因此，ダイゴ成為了「計劃X」的核心人物。
ダイゴ與兒時玩伴、加入了他的軍師小岡龍馬一起，成立了聖托勒同盟，試圖將倖存的人們疏散到聖托勒，但馬克杜克軍團是與伊克斯特羅姆星人交戰的多瑪星人的後裔，他們奉行優生思想，在馬克杜克軍團內部也進行了選拔。在一些背叛馬克杜克軍團的人的幫助下，阿諾號被運到了聖托勒，馬克杜克軍團被聖托勒的秘密武器伊克斯特龍炮擊敗。然而，多瑪大帝統乘坐宇宙船毒魔殿逃往了宇宙。
ダイゴ等人登上了阿諾號，開始了尋找移民星球的宇宙之旅，但一直沒有找到合適的星球。馬克杜克軍團也一直追蹤著阿諾號。在一個名為「9999區域」的神秘空間中，兩方展開了最終決戰。只有阿諾號才能越過「9999區域」抵達超宇宙。在毒魔殿強行撞擊阿諾號後，兩方都進入了超宇宙。然而，多瑪大帝統被被認為不適合留在這裡的宇宙聯盟代表阿卡莎消滅了。ダイゴ等人受到了阿卡莎的歡迎，並收到了生命體微小孢子的訊息，這封訊息也許會成為冰河期地球上生命復甦的力量。
