二十世紀初的日本太正時代，自明治維新以來的文明開化已進行了五十餘年。隨著西洋文化和日本傳統文化的交匯融合，帝都·東京逐漸成為現代化建築鱗次櫛比，蒸汽鐵道、地下鐵道縱橫交錯，馬車、人力車、蒸汽車川流不息的繁華都市。然而，這也是一座有著怪物和咒術等非現實存在的魔幻都市。
為了對抗從地底出現的強大魔物「降魔」，陸軍成立了由將校中的靈能者組成的特殊部隊——對降魔部隊，成員即「二刀二劍」的4位繼承者：米田一基，持有「神刀·滅卻」；山崎真之介，持有「光刀·無形」；藤枝菖蒲，持有「神劍·白羽鳥」；真宮寺一馬，持有「靈劍·荒鷹」。四人僅憑自己的血肉之軀和手中的神劍與魔物作戰，史稱「降魔戰爭」。激戰的結果，陷入絕境的對降魔部隊被迫使出最後的手段——利用「魔神器」發動「破邪之血」。魔神器即日本上古時代流傳下來的三種祭器：劍、珠、玉，可以成為魔力的增幅器。繼承真宮寺家「破邪之血」的一馬，以自己的生命為代價用魔神器將降魔們封印，而山崎真之介也在此戰中失蹤……
太正十一年，以妖僧天海為首的邪惡組織「黑之巢會」蠢蠢欲動。仇視近代文明的天海為了復辟德川幕府的統治，率領手下的死天王葵叉丹、彌勒、修羅、羅剎，操縱著利用古代咒法生出的魔物——魔操機兵在帝都展開了破壞活動。為了對抗這新的威脅、守護帝都和民眾，在花小路伯爵的大力支持下，新的政府直屬對降魔組織——帝國華擊團（簡稱「帝擊」）·花組成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的領導下，花組集結了6名具備高靈力的少女：真宮寺一馬的女兒、靈劍·荒鷹的繼承者真宮寺櫻；神崎財閥總帥忠義的孫女、精通神崎風塵流長刀術的神崎堇；俄國革命的勇士、曾有「食火鳥」之稱的瑪麗亞·橘；自幼就因超常的靈力被與世隔絕、年僅10歲的法國貴族千金愛麗絲；在辛亥革命的戰亂中失去親人、精通機械的中國少女李紅蘭；以及桐島流空手的正統傳人、身高近2米的桐島神奈。同時，基于山崎真之介留下的設計，由神崎重工完成了對降魔用靈子甲冑「光武」。以銀座大帝國劇場為基地、平日以歌劇團面目出現來掩人耳目的花組，在魔物出現時就會變為守護帝都的戰士，駕駛光武與敵人作戰。
太正十二年春，苦於戰力及協作性不足的花組來了一位新隊長——海軍少尉大神一郎，《櫻花大戰》的故事也就從這裡開始了……
