自從人類移居太空殖民地以來，數百年的宇宙時代已然過去。圍繞地球圈霸權的爭奪戰終結後，人們以為和平的時代終於降臨。
A.G.101年，突如其來的未知敵人（Unknown Enemy，以下簡稱「UE」）發動襲擊，導致太空殖民地「天使」徹底毀滅，死傷無數。這場災難被稱為「天使的落日」，使地球圈的人類再次陷入漫長的痛苦，而這場事件也正式揭開了長達百年的戰爭序幕。
第一部・菲利特篇（第1至15集）
A.G.108年，人類與UE的戰爭仍在持續。此時，和平的太空殖民地「歐華」遭到UE襲擊，7歲少年菲利特·明日野的母親瑪莉娜亦在戰火中喪命。臨終前，瑪莉娜將代代相傳的記憶組件**「AGE裝置」**託付給菲利特。這個裝置中保存著「鋼彈」的設計圖——這台機動戰士曾在過去被譽為「救世主」。承襲母親的遺志，菲利特決心打造出鋼彈，為對抗UE而奮戰。
A.G.115年，14歲的菲利特居住在太空殖民地「諾拉」，並受地球聯邦軍阿靈斯頓基地的布魯薩司令收留。在過去7年間，他與基地的科學家們不斷進行研究，最終成功完成鋼彈。然而，就在此時，UE的魔掌再度伸向「諾拉」……
第二部・阿瑟姆篇（第16至28集）
A.G.140年，「驅蝠戰役」結束後，25年的歲月流逝，地球聯邦軍與過去被稱為「UE」的維根仍在交戰。隨著維根勢力範圍不斷擴大，地球聯邦政府開始積極籌備大規模的反擊戰。如今，菲利特·明日野已晉升為地球聯邦軍司令官。
在兒子阿瑟姆·明日野17歲生日時，菲利特將家族相傳的AGE裝置交給他。不久後，阿瑟姆所居住的殖民地「特魯迪亞」遭到維根襲擊。為了保護殖民地的居民，阿瑟姆啟動了隱藏已久的「鋼彈AGE-1」，投身戰場。
A.G.141年，阿瑟姆自學校畢業後，正式加入地球聯邦軍，並駕駛全新研製的「鋼彈AGE-2」，奔赴戰場……
第三部・奇歐篇（第29至39集）
在成功阻止維根的移動要塞「達尼斯」發動「諾多拉姆攻略戰」後，地球暫時逃過一劫。然而，這場戰役引發的動盪，使地球聯邦政府不得不進行大規模改革。在這個劇變的時代裡，阿瑟姆與蘿瑪莉選擇攜手共度未來。
時光流轉，十年過去——
A.G.151年，阿瑟姆與蘿瑪莉的孩子奇歐·明日野誕生。然而，阿瑟姆卻在執行調查**「漂流船事件」**的任務中神秘失蹤。
A.G.164年，奇歐成長為一名心地善良的13歲少年。然而，和平的小鎮「奧利巴諾斯」卻突遭維根襲擊。地球聯邦軍的司令部所在地「並連」亦被敵軍的要塞摧毀。此時，維根的最高領導人菲札爾·伊傑康特發表聲明，正式向地球宣告全面侵略。在這場前所未有的危機中，奇歐與菲利特一同啟動了藏匿於小鎮的全新鋼彈「鋼彈AGE-3」……
第四部・三世代篇（第40至49集）
A.G.164年，奇歐被維根擄往火星圈，但最終在化名為「艾殊船長」的阿瑟姆拼死營救下成功逃脫。回到地球圈後，奇歐對火星圈人們的生存狀況有了更深的理解，並開始對這場戰爭產生前所未有的思考。他曾深信「維根是邪惡的象徵」，如今卻不得不直面真正的維根。
駕馭嶄新的鋼彈「鋼彈AGE-FX」，奇歐決心發揮身為X-Rounder的力量，試圖阻止戰爭的持續。與此同時，阿瑟姆以宇宙海盜的身份穿梭於兩大陣營之間，努力維持勢力平衡，竭力避免全面戰爭。然而，菲利特·明日野對維根的仇恨日益加深，他唯一的目標就是將維根徹底殲滅。
此時，聯邦軍展開對維根奪取的月球總部的奪回行動。而維根最大的宇宙要塞「拉·格拉米斯」也開始發動攻勢。地球圈與火星圈之間的長久戰爭，終於迎來最終決戰……
