そう遠くない未来、日本は謎の勢力によって脅かされていた。巨大な機械獣を用いて犯罪を繰り返す者たちが次々と現れ、社会は混乱に包まれていく。
この脅威に立ち向かうのは、美しさと力を兼ね備えた女性型ロボットを操る戦士たち、「マジンガーエンジェル」である。彼女たちは、悪しき機械獣から日本を守るべく日夜戦いを繰り広げていた。
続編となる『マジンガーエンジェル ツヴァイ』では、敵の正体が宇宙からの侵略者「ベガ星連合軍」であることが明かされる。その先鋒として送り込まれてくるのは、恐るべき「円盤獣」たちだった。
