公元2305年，面对覆盖整个地球的信息生命体“斯卡布珊瑚（スカブコーラル）”，公共福祉查察军决定执行“坏死作战（ネクロシス作戦）”。该计划是将决战弹头“银之箱（シルバーボックス）”射入斯卡布的中枢“伍德斯托克（ウッドストック）”，借由其音响攻击来歼灭斯卡布。然而，计划制定者阿德洛克・萨斯顿上校（アドロック・サーストン）察觉到错误，于是带着人型珊瑚人（コーラリアン）艾蕾卡（エウレカ），驾驶KLF“起源零式（オリジネート・ゼロ）”逃离。
尽管伴随着大量牺牲，作战一度接近成功，但因银之箱（シルバーボックス）失控，地表被多重增殖（マルチプライズ）的冲击波吞没，人类面临灭亡危机。阿德洛克（アドロック）将艾蕾卡（エウレカ）托付给弟子霍兰德・诺瓦克（ホランド・ノヴァク）后，突入银之箱（シルバーボックス）之中，成功阻止多重增殖（マルチプライズ）并随之消失。这场灾厄日后被称为“爱之夏（サマー・オブ・ラブ）”，而阿德洛克（アドロック）也被赞颂为拯救地球的英雄。
十年后，阿德洛克（アドロック）的遗孤兰顿（レントン）被父亲昔日部下比姆斯夫妇（ビームス夫妻）收养，正值14岁的青春期。在偏远乡村过着无聊生活的兰顿（レントン），某天遇见了驾驶白色KLF“尼尔瓦修（ニルヴァーシュ）”的艾蕾卡（エウレカ）。他对她一见钟情，并加入由霍兰德（ホランド）率领的设施护卫队（ファシリティガード）。然而，在得知艾蕾卡（エウレカ）并非人类后，他感到动摇，并与霍兰德（ホランド）发生冲突。离开设施护卫队（ファシリティガード）后，兰顿（レントン）与比姆斯夫妇（ビームス夫妻）重逢，虽然气氛略显生疏，却重新感受到家庭的温暖。同时，他也因一名少数宗教沃达拉克（ヴォダラク）少女之死，而深刻体认到自己行动所承担的责任。之后，他得知比姆斯夫妇（ビームス夫妻）受军方委托，肩负抹杀艾蕾卡（エウレカ）的任务，于是向两人道别，朝着艾蕾卡（エウレカ）所在之处奔去。
