WWW的大戰5個月後… 從WWW基地凱旋歸來的熱斗和洛克人升上6年級。就在大家充實的過著和平的生活時，NASA卻偵測到有小行星正逐漸接近地球，因此組成了危機應變小組。
熱斗與爸爸在隔了好久後終於可以一起出來買東西了。吃完早餐後，熱斗與爸爸一起到電氣街新開的電氣屋買東西，偶然遇見也來買東西的美露和伊朵。 2人看著擺在櫥窗裡的立體音響。
「熱斗，現在蘿露和葛萊德也在這個立體音響的電腦世界裡面。熱斗你要不要連線進入看看？」
熱斗聽從美露的建議，將洛克人傳送到電腦世界中，想不到那裡卻出現了一個有著銳利的眼光和可疑氣息的神秘領航員──陰影人（Shademan）。
具有銳利的眼光的陰影人...... 這個巧遇，將是壯烈戰爭的開端：黑暗與光明的決鬥。
在劇情的架構上做了相當大的改變，從原本的8個章節的故事，變成了3個大段落，本作可說是由3次的錦標賽連接而成，主線劇情方面出乎意料的短，大部分的劇情都集中於各個錦標賽的選手的任務，對於玩家來說是新的體驗！
至於洛克人方面，除了人物頭像的更新，這次洛克人不再有以前的型態轉變，取而代之的是繼承領航員能力的「靈體共鳴」，藉由靈魂同步，洛克人將可以擁有共鳴領航員的基本能力，玩家可以用相對應的晶片召喚靈魂，雖然同一個靈魂只能用3個回合，但是已不像以前一樣只能用同一個型態持續戰鬥。也出現了跟漫畫版相同的「完全同步」，可增強晶片攻擊力。
此外，由於「黑暗」的出現，戰鬥中玩家可以選擇要繼續向光明前進，還是使用黑暗晶片跟黑暗力量訂下契約，雖然兩者到最後都可以連接到最後的劇情，不過難易度將有所不同！
錦標賽、小行星、黑暗晶片，3者之間，有沒有關聯？
小行星會否墜落地球？
這些要由玩家通過遊戲，尋找答案。
熱斗與爸爸在隔了好久後終於可以一起出來買東西了。吃完早餐後，熱斗與爸爸一起到電氣街新開的電氣屋買東西，偶然遇見也來買東西的美露和伊朵。 2人看著擺在櫥窗裡的立體音響。
「熱斗，現在蘿露和葛萊德也在這個立體音響的電腦世界裡面。熱斗你要不要連線進入看看？」
熱斗聽從美露的建議，將洛克人傳送到電腦世界中，想不到那裡卻出現了一個有著銳利的眼光和可疑氣息的神秘領航員──陰影人（Shademan）。
具有銳利的眼光的陰影人...... 這個巧遇，將是壯烈戰爭的開端：黑暗與光明的決鬥。
在劇情的架構上做了相當大的改變，從原本的8個章節的故事，變成了3個大段落，本作可說是由3次的錦標賽連接而成，主線劇情方面出乎意料的短，大部分的劇情都集中於各個錦標賽的選手的任務，對於玩家來說是新的體驗！
至於洛克人方面，除了人物頭像的更新，這次洛克人不再有以前的型態轉變，取而代之的是繼承領航員能力的「靈體共鳴」，藉由靈魂同步，洛克人將可以擁有共鳴領航員的基本能力，玩家可以用相對應的晶片召喚靈魂，雖然同一個靈魂只能用3個回合，但是已不像以前一樣只能用同一個型態持續戰鬥。也出現了跟漫畫版相同的「完全同步」，可增強晶片攻擊力。
此外，由於「黑暗」的出現，戰鬥中玩家可以選擇要繼續向光明前進，還是使用黑暗晶片跟黑暗力量訂下契約，雖然兩者到最後都可以連接到最後的劇情，不過難易度將有所不同！
錦標賽、小行星、黑暗晶片，3者之間，有沒有關聯？
小行星會否墜落地球？
這些要由玩家通過遊戲，尋找答案。