「蛟龍統帥」－ 酸素海馬╱毒素海馬（アシッド・シーフォース╱Acid Seaforce╱Toxic Seahorse）
水隸屬多普拉軍團的海馬型機器人。
身體材質以特殊的液態金屬製成，可以隨時液化或溶化於水中，目前聽從多普拉的命令，攻下了人類最大的水庫「摩納庫大壩」，意圖將人類的水源斷絕。
「暗影飛忍」－ 爆炸黃蜂╱爆破黃蜂（エクスプローズ・ホーネック╱Explose Horneck╱Blast Hornet）
水隸屬多普拉軍團的海馬型機器人。
身體材質以特殊的液態金屬製成，可以隨時液化或溶化於水中，目前聽從多普拉的命令，攻下了人類最大的水庫「摩納庫大壩」，意圖將人類的水源斷絕。
「援助發電站」－ 高壓電鯰╱閃電鯰魚（エレキテル・ナマズロス╱Electro Namazuros╱Volt Catfish）
鯰魚型機器人。
為緊急發電而製造，身體內建高性能發電機，因心地善良而很受人類歡迎，赴宴於多貝爾城之後遭病毒感染而非正規化，拿下了數座大型的發電廠，來將電力供給多普拉軍團。
「七海的破壊神」－ 巨剪龍蝦╱破壞龍蝦（シザーズ・シュリンプァー╱Scissors Shrimper╱Crush Crawfish）
龍蝦型機器人。
原為隸屬海軍的戰鬥型機器人，因為人工智慧缺陷導致會不分敵我的攻擊，之後就被封印在倉庫中，而因為不知是誰將其重新啟動，醒來後照著多普拉軍團的命令攻下了附近的造船廠。
「閃耀的守護神」－ 閃光猛虎╱霓虹彩虎（シャイニング・タイガード╱Shining Tigerd╱Neon Tiger）
虎型機器人。
原為隸屬海軍的戰鬥型機器人，因為人工智慧缺陷導致會不分敵我的攻擊，之後就被封印在倉庫中，而因為不知是誰將其重新啟動，醒來後照著多普拉軍團的命令攻下了附近的造船廠。
「鋼鐵的復仇者」－ 重力甲蟲（グラビティー・ビートブード╱Gravity Beetbood╱Gravity Beetle）
獨角仙型機器人。
原隸屬第17部隊，是《1代》中迴力鏢鍬形蟲的弟弟，對於將自己哥哥處決的艾克斯相當憎恨，而這次多普拉軍團的叛亂正好給了他復仇的機會，之後便指揮著巨大甲蟲航空艦將機器兵團至運往世界各地。
「白銀的雪男」－ 冷凍水牛╱暴雪水牛（フローズン・バッファリオ╱Frozen Buffalio╱Blizzard Buffalo）
水牛型機器人。
原滑雪場整備用的機器人，越寒冷的環境下越能發揮其效能，赴宴於多貝爾城之後非正規化，目前在執行將都市冷凍的計畫。也是個性格沉穩的優秀藝術家，相當喜歡做冰雕。
「地底的野蠻人」－ 電鑽犀牛╱隧道犀牛（スクリュー・マサイダー╱Screw Masaider╱Tunnel Rhino）
犀牛型機器人。
右手配備鑽頭，前能量水晶礦的礦工，赴宴於多貝爾城之後非正規化，現在以狂暴的戰鬥力將礦脈給占領，有著相當高的破壞欲。
多普拉博士（Dr.ドップラー╱Dr. Doppler）
有著老年科學家樣貌的雷普利機器人，凱恩博士的作品，也是開發出西格瑪疫苗的權威。
有著崇高的理想，希望建立人類與雷普利機器人共處的世界，所以建立了多貝爾城做為人類與雷普利機器人和平共存的理想國藍圖，但不幸的是開發西格瑪疫苗時自己也受到病毒感染，在病毒潛伏期過後發動叛變。
瓦裘力拉FF╱畢特（ヴァジュリーラFF╱╱Vajurila FF╱Bit）
多普拉博士開發並直屬的兩名高性能雷普利機器人「惡夢戰警」中的其中一位。在多普拉參考世界上各種的機器人後所開發，為速度型的機器人。原使命是保護多貝爾城，後隨多普拉博士發動叛變，對多普拉博士絕對忠誠。頭部造型類似日本古代男子的髮型角髮、身上則有著勾玉。
曼達雷拉BB╱拜特（マンダレーラBB╱Mandarela BB╱Byte）
多普拉博士開發並直屬的兩名高性能雷普利機器人「惡夢戰警」中的其中一位。在多普拉參考世界上各種的機器人後所開發，為力量型的機器人。原使命是保護多貝爾城，後隨多普拉博士發動叛變，對多普拉博士絕對忠誠。
霸法Mk-II（ヴァヴァMk-II╱Vava Mk-II）
經由多普拉博士的手復活並升級為「霸法MK-II」，對艾克斯有極大的恨意，無視多普拉博士的命令而擅自找上艾克斯報仇。
神威裝甲·O·稻荷神（ゴッドカルマシーン・O・イナリー╱Godcal Machine O Inary）
瓦裘力拉FF和曼達雷拉BB強化合體後的型態，多普拉研究所第一階段的頭目。有著狐狸的頭型和半人馬的下半身。具有噴射手臂、衝擊波和追蹤彈的攻擊。
巨魔（マオー・ザ・ジャイアント╱Maoh The Giant）
序幕關卡登場的頭目。巨大的人型機器人，原先被譽為多貝爾城的守護神，但在多普拉博士發動叛變後便成了到處進行破壞的毀滅者，於非正規獵人基地總部屋頂出現，藉由操控著二腕的鐵球，有著將建築物外部徹底毀滅的強大力量。
垃圾壓縮機（プレス・ディスポーザー╱Press Disposer）
使用特定武器打倒瓦裘力拉FF和曼達雷拉BB後才會出現的隱藏頭目，象型垃圾處理用巨大機器人。能使用伸縮自如的手臂和能夠溶解垃圾的強酸來迎擊入侵者。
伏特水母（ボルト・クラゲール╱Volt Kuragail）
使用特定武器打倒霸法後才會出現的隱藏頭目，水母型的巨大機器人，在水中的戰鬥力極高，會使用誘導型光彈以及爪子來進行攻擊。
聖·西格瑪（セイントシグマ╱Saint Sigma）
《3代》的西格瑪第一型態，以圓形大盾為武器，會發射火炎彈及丟出盾牌進行攻擊。
凱薩西格瑪（カイザーシグマ╱Kaiser Sigma）
《3代》最終頭目。西格瑪的第二型態，全身堅韌無比，只有攻擊頭部才能給予其傷害。 打倒後會出現曾在《2代》登場過的西格瑪病毒。與《2代》不同的是不會進行任何攻擊，只會以撞擊來阻饒艾克斯行動。