遙遠的過去，在某個行星上建立了高度文明的「賽諾・帕雷斯（ゼノ・パレス）」，因科技過度發展而最終毀滅了他們的母星。為了尋求生存之道，他們將希望寄託於宇宙，決定踏上星際旅程。賽諾・帕雷斯的族人將自身的遺傳資訊封印於巨大的移民船「埃斯托里奧（エストーリオ）」之中，僅留下部分被選中的軍人負責運航與探索新的移居星球，而其餘族人則將希望託付給他們，進入長久的沉睡。
最終，埃斯托里奧發現了理想的移居行星——被稱為「約定之星・特拉（テーラ）」的地球。然而，他們也發現地球上已經存在正處於文明初期階段的人類。面對這一現實，賽諾・帕雷斯分裂為兩派：一派為主張應盡快行動、以武力消滅或支配地球原住民的強硬派（マーズ）；另一派則為希望經由長時間交流與理解，與地球人共存共榮的溫和派（オシリス）。
這場理念之爭最終演變為埃斯托里奧號上的內戰。擅長戰鬥的強硬派逐漸壓倒了溫和派。為了避免族群滅亡，溫和派採取了最後手段——將三台被稱為「賽諾恩守護者（ゼノンズ・ガーディアン）」的戰鬥機器人，以及搭載它們的戰艦發射至地球，託付給地球原住民，希望在未來強硬派抵達地球時，能有力量與之抗衡。
三艘載有賽諾恩守護者的戰艦最終抵達地球，分別墜落於日本的蝦夷地（後來的北海道）、江戶（後來的東京）與薩摩國（後來的鹿兒島）。當地居民將這些來自天外的遺產兵器深埋地底，並將其存在記錄於古文書中，代代相傳。
時光流轉至現代，埃斯托里奧終於抵達地球軌道。賽諾・帕雷斯的勢力開始以日本列島為起點展開對地球的侵略。然而，就在這時，沉睡於北海道、東京與鹿兒島地下的三台遺產兵器甦醒——與外星入侵者的決戰，正式揭開序幕。
