2021年。即使由美利堅合眾國等先進工業國主導所簽訂的「聖加侖協定（ザンクトガレン協定）」進行了嚴格管制，依然無法阻止外星人佩德拉（ペドラー）帶來的意識控制型汎用作業機械「外骨機（エグゾフレーム）」在全球擴散。
長期於世界各地調查外骨機（エグゾフレーム）的鮑曼（ボウマン）一行人，逐漸察覺到在其背後，存在著一股意圖擴大外骨機在戰場上應用的神秘勢力。所有情報都指向非洲新興國家──阿札尼亞共和國（アザニア共和国）的總統萊拉・雷夏普（ライラ・レシャップ）。他為了促進發展中國家的技術自主化，藉由推廣任何人都能以近乎免費代價獲得的外骨機（エグゾフレーム），以「新非洲聯盟（新しいアフリカ連合）」的實質領導者身分行動，同時也被懷疑是神秘武裝組織「棄民旅團（アウトキャスト・ブリゲード）」的幕後黑手。
然而，鮑曼（ボウマン）等人關於此事危險性的報告，卻遭高層封殺。於是他們決定為了對抗阿札尼亞（アザニア），在美軍第五十一區（エリア51）中秘密推進海軍陸戰隊專用外骨機研發計畫「鱷魚計畫（ガビアル）」。
