在遭受由「S.N.R.I.(サナリィ)」開發的小型機動戰士(Mobile Suit, MS)超越後,安納海姆電子(アナハイム・エレクトロニクス)為了奪回市場主導權,極秘展開了一項包含非法諜報活動在內的新型MS開發計畫——「影子方程式計畫(シルエットフォーミュラプロジェクト,SFP)」。
地球聯邦軍的駕駛員時音・藍道爾(トキオ・ランドール)被派遣至安納海姆的試驗艦布雷伍德(ブレイウッド),擔任該計畫下誕生的三台試作機之一——RXF-91 影子鋼彈(シルエットガンダム)的測試駕駛員,並參與在月球背面的暗礁宙域「斑馬區域(ゼブラゾーン)」進行的實戰測試。
經過數月的測試行程,最終只剩下一週便可完成。然而,在宇宙世紀0123年2月18日,當時音駕駛的影子鋼彈與凱文・佛雷斯特(ケビン・フォレスト)所駕駛的RGM-111 哈迪剛(ハーディガン)進行模擬戰時,卻遭遇了一架隸屬不明、機種不明的MS,並且隨即遭受攻擊,戰鬥就此爆發。