2137年，一場大規模的太陽閃焰引發了高密度的電漿雲，覆蓋了以黃道面為界的太陽系南半部分，地球的南半球遭到毀滅，造成17億人喪生。這場閃焰被命名為「ゲドゥルト・フェノメーン（Geduld Phenomenon）」，電漿雲則被稱為「ゲドゥルトの海（Geduld Sea）」。
2225年，位於地球衛星軌道上的航宙士養成所リーベ・デルタ（Liebe Delta）遭到不明勢力襲擊，失去控制，墜入ゲドゥルトの海。然而此時，リーベ・デルタ內部隱藏的外洋型航宙可潛艦「黒のリヴァイアス（BLACK RYVIUS）」啟動了。
教官們全數殉職，僅有487名少年少女得以避難至RYVIUS上。奇怪的是，他們不僅未能得到軌道保安廳的救援，反而遭到攻擊。儘管困惑和混亂，他們不得不持續戰鬥。在這艘封閉且極限的艦內，少年少女們圍繞著艦的指揮權和物資配給展開了陰鬱的爭鬥，同時在火星圈、土星圈與天王星圈間展開了無目的的逃亡。
