在前作中，為了追擊逃往宇宙的邪惡根源——弗拉‧扎塔利昂（フューラーザタリオン），V指揮官鋼彈（Vコマンドガンダム）離開了星球。雖然一度迎來短暫的和平，但某天，一座巨大殖民衛星（コロニー）墜落於大陸，新出現的MS軍團瞬間就將整個星球侵略殆盡。
面對來自巨大複合企業「吉翁連結（ジオニック・コネクション）」的高壓統治，過去的戰士們開始在吉翁都市（ジオニックシティ）各地展開反抗軍行動，為了奪回自由而再次挺身而戰。
SD Command Chronicles II - Gundam Force
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