在遭受由「S.N.R.I.（サナリィ）」開發的小型機動戰士（Mobile Suit, MS）超越後，安納海姆電子（アナハイム・エレクトロニクス）為了奪回市場主導權，極秘展開了一項包含非法諜報活動在內的新型MS開發計畫——「影子方程式計畫（シルエットフォーミュラプロジェクト，SFP）」。
地球聯邦軍的駕駛員時音・藍道爾（トキオ・ランドール）被派遣至安納海姆的試驗艦布雷伍德（ブレイウッド），擔任該計畫下誕生的三台試作機之一——RXF-91 影子鋼彈（シルエットガンダム）的測試駕駛員，並參與在月球背面的暗礁宙域「斑馬區域（ゼブラゾーン）」進行的實戰測試。
經過數月的測試行程，最終只剩下一週便可完成。然而，在宇宙世紀0123年2月18日，當時音駕駛的影子鋼彈與凱文・佛雷斯特（ケビン・フォレスト）所駕駛的RGM-111 哈迪剛（ハーディガン）進行模擬戰時，卻遭遇了一架隸屬不明、機種不明的MS，並且隨即遭受攻擊，戰鬥就此爆發。
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