這台Stage 2EVA在舊特務機關NERV本部攻防戰中，由於頭部損壞，將原本的四眼主視鏡換裝成雙眼。此外，隨著明日香精神成長，機體也進行了相應的成長，並裝配了新型的拘束具與裝甲，以適應成長後的貳號機。
在出擊時，這台EVA將能量供應方式從有線的Umbilical Cable改為無線的微波傳輸。其背部裝備了巨大的能量接收裝置「Rectenna」，以確保穩定的能量供應。
貳號機II式
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